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Small RNA测序

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参考报价: 面议 型号: Small RNA测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 2 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介       

小RNA是一类长度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,参与调控基因表达、生长发育、非生物胁迫和病原菌的侵害等过程。

  利用第二代高通量测序技术,对特定状态下的组织的small RNA进行测序,对获得的小 RNA 序列进行分析、鉴定,同时还可以预测新的miRNA,并对鉴定出的miRNA进行靶基因预测和功能分析。


  应用领域:

  样本全转录本信息获取

  基因注释及筛选

  基因结构分析


  产品优势:

  技术稳定性好:技术稳定,建库稳定性好

  检测精度高:几百万级深度检测,可以检测出低丰度small RNA

  分析内容全面:不仅可以分析microRNA,还可以分析siRNA


  技术路线:

内容分析    

    1.测序数据及其质量控制:

  测序碱基质量值

  测序数据产出统计


  2.sRNA分类注释:

  ncRNA及重复序列注释

  与参考基因组比对

  公共及特有序列分析


  3.miRNA分析:

  miRNA鉴定、

  miRNA碱基偏好性分析

  miRNA碱基编辑分析

  miRNA家族分析


  4.miRNA表达量分析:

  miRNA定量、

  miRNA表达量总体分布


  5.miRNA差异表达分析:

  差异表达miRNA筛选、

  差异表达miRNA聚类分析


  6.miRNA靶基因预测


  7.差异表达miRNA靶基因注释:

  差异表达miRNA靶基因的GO分类

  差异表达miRNA靶基因GO富集层次分析

  差异表达miRNA靶基因的COG注释、

  差异表达miRNA靶基因KEGG注释

  差异表达miRNA靶基因KEGG通路富集分析


  样品要求:

  1.样品类型:总RNA;

  2.样品浓度:总RNA浓度≥350 ng/ul;

  3.样品总量:总RNA用量>6ug;

  4.样品纯度: OD260/280为1.8~2.2,260nm处有正常峰值;

  5.RNA完整性:总RNA 28S/18S≥1.5; Small RNA要求电泳后有单一5S条带。(距送样日最近的电泳结果)

案例分析

1、巨紫荆 microRNAs和靶基因分析

  本研究通过高通量测序和降解组测序,鉴定了巨紫荆194个已知 miRNAs ,预测了23个新miRNAs 和61个靶基因。比较高度保守miRNAs和特异性miRNAs,推测巨紫荆符合中性进化论。高度保守miRNAs具有较高水平的表达,且在生长素信号转导、转录调控及生长调控方面也具有相关作用,对于进一步阐明巨紫荆miRNAs调节机制具有重要指导意义。


miRNAs上每个位点的核苷酸比例


  2、柑橘全爪螨四个时期small RNA分析

  本研究通过测序技术,鉴定了柑橘全爪螨4各时期中*594已知miRNAs,预测了31个新miRNAs。生物信息学分析表示,柑橘全爪螨不同时期miRNAs的表达水平不同;靶基因预测和功能注释表明miRNAs参与柑橘全爪螨中多个途径的调控。本文是第一篇关于柑橘全爪螨small RNA 的研究,对于弄清small RNA 在柑橘全爪螨生长过程中的作用以及开发防治病虫的方法具有重要意义。


Small  RNA分类注释


  参考文献:

  1. High-throughput sequencing and degradome analysis reveal neutral evolution of Cercis giganteamicroRNAs and their targets (Planta, 2015, IF = 3.236)

  2. An analysis of the small RNA transcriptome of four developmental stages of the citrus red mite (Panonychus citri ) (Insect Molecular Biology , 2014, IF = 2.589)


注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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