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lncRNA测序

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参考报价: 面议 型号: lncRNA测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 3 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介  

       长链非编码RNA(LncRNA)是一类长度大于200nt且不编码蛋白质的RNA,通常伴随着mRNA协同转录,广泛存在于各种生物体内,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达,在生命活动中具有重要作用。

  LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNA和mRNA。


  应用领域:

  新lncRNA找寻与预测

  疾病研究

  调控网络研究


  产品优势:

  分析内容全面:不限于对已知lncRNA的研究分析,并设置严格的筛选条件预测新的lncRNA;

  数据信息量大:可一次性获得样本中几乎所有的lncRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和全面性;

  测序物种多元:对包括人类、动植物在内的许多物种的lncRNA进行鉴定和分析;

  关联全面分析:得到mRNA数据,可开展lncRNA与mRNA的关联分析,深入分析lncRNA调控网络。


  技术路线:

内容分析    

mRNA分析
SNP、Indel鉴定、可变剪切鉴定、基因结构优化、预测新转录本、差异mRNA聚类、差异表达分析、差异基因功能注释通路富集分析等
lncRNA分析

差异lncRNA筛选、lncRNA注释、lncRNA保守性分析 、lncRNA定量及差异表达分析、lncRNA家族分析、靶基因预测、miRNA前体预测分析等

lncRNA-mRNA

关联分析

表达水平分析、差异表达分析、共表达网络构建分析、Cis/Trans作用分析等


  样品要求:

  1.  样品类型:总RNA;

  2.  样品浓度:≥200 ng/ul;

  3.  样品总量:≥10ug;

  4.  样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值;无基因组DNA污染;

  5.  RNA完整性:电泳检测28S/18S≥1.5。(据送样日最近的电泳结果)

案例分析

1、拟南芥lncRNA应答尖孢镰刀菌侵染的分子机制研究

  本研究采用链特异性RNA-Seq技术,对拟南芥中应答尖孢镰刀菌侵染的lncRNA展开分析,发现许多相关的lncRNA,包括15个长链非编码天然反义转录本(lncNATs)和20个lincRNAs。实验证实上述部分的lncNATs和lincRNAs与拟南芥的尖孢镰刀菌抗性密切相关,并证实lncRNAs是拟南芥抗真菌网络中重要的节点。本研究思路对于进一步研究lncRNAs的功能提供了理论基础。


At2g30770及其长链非编码自然反义转录本的表达


  2、乳腺癌细胞中控制细胞周期基因表达及增殖的LncRNAs研究

  本研究结合GRO-seq及RNA-seq,更加多方面地鉴定乳腺癌细胞中的LncRNA,其中包括700多条新LncRNA。并对LncRNA与mRNA基因的进行了差异分析,结果表明lncRNA152和lncRNA67在乳腺癌细胞生长和细胞周期相关基因表达中具有重要作用。


调控细胞周期及基因表达的 LncRNAs分析


  参考文献:

  1. Long noncoding RNAs responsive to Fusarium oxysporum infection in Arabidopsis thaliana (New Phytologist, 2014, IF =7.672)

  2. Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells (Molecular cell, 2015, IF = 14.018)


注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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