circRNA测序-南京集思慧远生物科技有限公司

circRNA测序

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参考报价：	面议	型号：	circRNA测序
品牌：	集思慧远	产地：	南京
关注度：	14	信息完整度：
样本：		典型用户：	暂无

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产品简介产品推荐产品新闻

产品简介

circRNAs（Circular RNAs，环状RNA）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNAs广泛存在于人和动植物中，是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA，circRNAs呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。这种特性，预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。

最近的研究证实，circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员，可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs，进而调控基因表达。然而，circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。

技术优势

◆ 文库优化：采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案，既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列，也可以仅保留环状RNA序列。

◆ 分析全面：全面分析和鉴定样本环状RNA和长链线性RNA（包括mRNA和lncRNA）。

◆ 方案系统：从circRNA发掘与表达分析，环状RNA与长链线性RNA互作分析，到ceRNA调控机制探析，由研究人员自由选择研究方案。

产品优势：

分析内容全面：不限于对已知circRNA的研究分析，并设置严格的筛选条件预测新的circRNA；

数据信息量大：可一次性获得样本中几乎所有的circRNA信息，有利于提高后续分析结果的准确性和全面性；

测序物种多元：对包括人类、动植物在内的许多物种的circRNA进行鉴定和分析；

技术路线：

内容分析

1.测序数据及其质量控制：

测序碱基质量值

测序数据产出统计

2.circRNA鉴定：

CircRNA的长度分布

CircRNA 的来源统计

已知CircRNA的注释

3.CircRNA的表达及差异表达：

CircRNA的表达水平分析

CircRNA差异表达分析结果

差异表达CircRNA筛选、

差异表达CircRNA聚类分析

4.差异CircRNA来源基因富集分析：

差异CircRNA来源基因的GO分类

差异CircRNA来源基因的GO富集层次分析

差异CircRNA来源基因的COG注释、

差异CircRNA来源基因KEGG注释

差异CircRNA来源基因KEGG通路富集分析

样品要求：

1. 样品类型：总RNA；

2. 样品浓度：≥200 ng/ul；

3. 样品总量：≥10ug；

4. 样品纯度：OD260/280为1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm处有正常峰值；无基因组DNA污染；

5. RNA完整性：电泳检测28S/18S≥1.5。（据送样日最近的电泳结果）

案例分析

1、植物中的非编码circRNA

用公共的RNA-Seq数据对水稻和拟南芥中的circRNA进行了全基因组鉴定，分析并比较了植物和动物circRNA的特征。在水稻和拟南芥中分别鉴定了12037和6012个circRNA，实验验证了56％（10/18）的样品水稻中的外显子环状RNA。超过700个外显子circRNA的亲本基因是水稻和拟南芥之间的直系同源物，表明在植物中circRNA是保守的。内含子侧翼的植物circRNAs比线性基因的内含子长得多，比动物circRNAs拥有较少的重复元素和反向互补序列。植物circRNAs表现出不同的表达模式，27个水稻外显子circRNAs在磷酸盐富足和缺乏条件下差异表达。观察到一些circRNA与其亲本基因的表达显着正相关。

植物中circRNAs的鉴定

2、追踪人植入前胚胎的circRNA表达量

环状RNA未在人植入前胚胎发育过程中有报道。本文系统分析了人卵母细胞和植入前胚胎细胞的circRNA和mRNA，使用SUPeP-seq。从2974个亲本基因中鉴定了10032个circRNA。大多数具有发育阶段特异性。其中部分是母系表达，暗示其在卵子发生和受精卵形成的重要调控作用。人类和小鼠胚胎的比较揭示了这两个物种的高保守性。与小鼠相比，人类植入前胚胎的circRNA更多，且人类circRNA跨内含子长度显着增加。还对RNA从头组装，鉴定新的转录单元，其中大部分都是潜在的lncRNAs位点。