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基因表达谱

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参考报价: 面议 型号: 基因表达谱
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 4 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介  

数字基因表达谱(DGE)是基于HiSeq平台,研究特定组织在特定状态下的基因表达情况,全面、经济、快速地检测不同材料间的差异表达基因,挖掘调控某一性状的关键靶点基因。


  应用领域:

  基因表达量测定

  多样本转录组组装

  基因表达网络构建

  疾病分类研究


  产品优势:

  1. 数字化信号:直接测定每个基因的特异表达标签序列,通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量,大大提高了定量分析的准确度;

  2. 可重复性高:不同批次的表达谱度量准确,能够更准确的进行表达差异分析;

  3. 高灵敏度:对于表达存在差异的基因能够灵敏的检测其表达差异,能够检测出低丰度的表达基因;

  4. 高通量:一次测序可得到800万以上的序列;

  5. 高准确性:使用RPKM方法计算基因表达量,消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响确保基因表达量计算的高准确性。


  技术路线:

内容分析        

     1.  测序数据统计与评估

  测序质量值分布检查

  碱基分布检查

  测序数据产出统计


  2.  RNA-Seq整体质量评估

  与参考基因组比对统计

  cDNA片段随机性检验

  测序饱和度检验


  3.  基因表达分析

  基因表达定量

  不同样品表达量对比


  4. 差异表达分析

  差异表达筛选

  差异基因统计

  差异表达基因聚类分析


  5. 基因功能注释

  差异表达基因注释

  差异表达基因的GO分类

  差异基因GO富集层次分析

  差异表达基因的COG注释

  差异表达基因KEGG注释

  差异基因KEGG通路富集分析


  样品要求:

  1.样品类型:总RNA;

  2.样品浓度:≥250 ng/ul;

  3.样品总量:>6ug;

  4.样品纯度: OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值。

  5.RNA完整性: 电泳检测28S/18S≥1.5。(距送样日最近的电泳结果)

案例分析

 1.利用DGE-Seq分析芍药灰霉病形成机理

  本研究采用数字基因表达谱对感病性差异的两个芍药品种进行分析,结果显示,从不同样品的比较中筛选到了数以千计的差异表达基因(DEGs),并将它们比对上GO和KEGG数据库进行注释。对植物与病原菌互作和次生代谢合成的相关途径进行了集中研究,分别鉴定了51个和76个抗病相关的候选基因,并对它们在两品种中不同的表达模式进行了研究。这些结果显示了芍药与灰葡萄孢互作过程中转录水平上的变化,使我们对芍药抗灰霉病的分子机制有了更多的认识。


不同时期差异基因比较


  2、利用DGE-Seq鉴定油菜耐涝相关的基因

  本文利用DGE-Seq对耐涝油菜品种ZS9的根在水淹0 h和12 h后测定其转录本表达情况。实验共鉴定得到4432个差异表达基因,表明油菜的涝应答过程非常复杂。


上调和下调的差异表达基因GO分类


  参考文献:

  1. Digital Gene Expression Analysis to Screen Disease Resistance-Relevant Genes from Leaves of Herbaceous Peony (Paeonia lactiflora Pall.) Infected by Botrytis cinerea (PLOS ONE, 2015, IF = 3.234)

  2. The Transcriptome of Brassica napus L. Roots under Waterlogging at the Seedling Stage (International Journal of Molecular Sciences, 2013, IF = 2.862)


注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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