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宏转录组测序

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参考报价: 面议 型号: 宏转录组测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 5 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介

宏转录组学(Metatranscriptomics)兴起于宏基因组之后,从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律。它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。2006年,Leiniger等首次使用454测序技术对一个复杂微生物群落的宏转录组进行研究。与宏基因组学相比较,宏转录组学能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。


  技术优势

  ◆ 宏转录组研究采用先进的测序平台。

  ◆ 高通量覆盖可全面检测生态环境中的微生物信息。

  ◆ 充分挖掘样品中存在的微生物多样性及动态变化情况。

  ◆ 广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。


  技术路线:


内容分析        

      测序数据质量评估:过滤掉低质量数据,保证数据质量

  基因预测:基因预测及相关性分析

  物种、功能注释:物种、基因功能注释及相关分析

  CAG(Co-abundance genes):疾病和菌株关联研究

  CNV(copy number variation) 菌株拷贝数变异与疾病关联研究

  ARDB:耐药基因相关分析

  噬菌体:噬菌体及前噬菌体预测及分析


  样品要求:

  1.  样品类型:总RNA;

  2.  样品浓度:≥200 ng/ul;

  3.  样品总量:≥3ug;

  4.  样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0;无基因组DNA污染;

案例分析

1、结合宏转录组和RNA-SIP分析深海热泉的活性化能自养群体

  海底岩石的化能自养微生物群落潜在地给深海海洋提供大量有机碳,而我们对海底有机体复杂的活动及代谢过程知之甚少。本文结合宏基因组、宏转录组、和RNA稳定同位素探测(RNA-SIP),分析一个活跃的海底火山(Axial Seamount)在低温热液下活跃的自养细菌及古细菌的代谢潜能、表达模式、通路。宏基因组和宏转录组发现硫、氢基因和转录本,以及氨氧化、氧呼吸、脱氮作用、产甲烷作用,以及多个固碳途径。再通过RNA-SIP实验,模拟海底环境,随着温度降低,富集的13C在分类和功能多样性出现差异。本研究结合RNA-SIP及宏转录组,阐明了不同的自养微生物群落在深海热泉喷口随温度梯度变化的存在形式和活性。


固碳途径中基因的分类注释


  2、通过宏基因组和宏转录组分析嗜热微生物的组学

  以可持续的方式生产能源、减少温室气体排放的化石能源燃烧的最有前途的技术之一,是有机原料和废物通过多样化的微生物合作,进行厌氧消化和生物产甲烷,变成沼气。而目前,沼气发电厂嗜热微生物的系统生态学知之甚少。对一个典型的高温沼气微生物群落结构进行了全面的分析,包括宏基因组、宏转录组,辅以水解和乙酸细菌以及产甲烷古生菌的培养。采用11种不同的培养策略,获得了52种分类学上不同的微生物菌株,主要代表梭菌门、杆菌门、热袍菌门、甲烷杆菌门。基因组分析发现,热纤梭菌和粪堆梭菌参与半纤维素的水解作用,产生乙醇、醋酸酯、H2/CO2。结果表明,从宏基因组分析推导出了高丰度的微生物,并不一定有高转录或代谢活性,反之亦然。此外,对高温沼气微生物的组成仍知之甚少。


COG分类


  参考文献:

  1. Coupled RNA-SIP and metatranscriptomics of active chemolithoautotrophic communities at a deep-sea hydrothermal vent. (The ISME Journa. 2016, IF= 9.328)

  2. Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates. (Biotechnology for Biofuels. 2016, IF= 6.444)


注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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