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外显子测序

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参考报价: 面议 型号: 外显子测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 2 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介

外显子仅占整个人类基因组序列1%-2%的外显子组,包含180,000个能够被表达为蛋白质的外显子,约30MB大小,且外显子区域突变与85%能够引起疾病的突变相关。

  结合高通量测序手段,对利用高效序列捕获技术捕捉并富集的全基因组外显子区域进行测序分析,能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传变异,进而寻找与各种疾病相关的致病基因和易感基因。


  应用领域:

  1.单基因遗传病(小家系孟德尔遗传病)、散发性遗传病研究:通过对患病群体或家系进行外显子组测序分析,可以鉴别和定位致病基因;

  2.复杂遗传病研究:对胰岛素抵抗动脉粥样硬化、脑皮质发育异常等复杂遗传病患病群体结合连锁分析,外显子组测序可以筛选出这些复杂遗传病的相关候选致病基因;

  3.癌症及复杂代谢类疾病研究:利用外显子组测序技术对肿瘤组织进行有针对性的深度测序,可以发现基因突变和蛋白质编码区的染色体重排事件,揭示癌症发生发展原理;

  4. 米勒综合症、歌舞伎综合症、重型颅脑畸形等大多数的复杂代谢类疾病的致病突变和发生在蛋白质编码区的染色质重排事件,揭示出现代谢异常的病因,便于疾病诊疗的研究。


  产品优势:

  直接对蛋白编码序列进行测序,找出影响蛋白结构的变异。

  高深度测序,可发现常见变异及频率低于1%的罕见变异。

  针对外显子组区域测序,约占基因组的1%,有效降低费用、周期、工作量。


  技术路线:


内容分析     

      1、标准分析:

  (1)数据质控:去除接头污染和低质量数据

  (2)与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度

  (3)SNP/InDel/SV/CNV检测、注释及统计

  (4)Somatic SNV/InDel/SV/CNV检测、注释及统计(肿瘤成对样本)


  2、高级分析:

  单基因疾病:

  (1)突变位点过滤

  (2)显/隐性遗传模式分析(需老师提供家系信息)

  (3)候选基因功能注释

  (4)基因功能及通路分析

  (5)家系连锁分析

  (6)纯合子区域(ROH)分析


  复杂疾病:

  (1)突变位点过滤

  (2)显/隐性遗传模式分析(需老师提供家系信息)

  (3)候选基因功能注释

  (4)新生突变筛选及分析(成三/成四家系): de novo mutation筛选、新生突变速率计算

  (5)候选基因功能富集

  (6)蛋白互作网络分析(PPI)

  (7)基因显着性分析 (推荐20对Case/Control or trios样本)


  癌症及复杂代谢类疾病:

  (1)易感基因筛查

  (2)NMF突变特征及突变频谱分析

  (3)已知驱动基因筛选

  (4)高频突变基因统计及通路富集分析

  (5)MRT高频突变基因相关性分析

  (6)OncodriveCLUST驱动基因预测

  (7)高频CNV分布及重现性分析

  (8)肿瘤纯度/倍性分析

  (9) 异质性/克隆结构分析

  (10) NovoDrug高频突变基因靶向用药预测

  (11) NovoDR耐药突变筛选

  (12) 基因组变异Circos图展示


  样品要求:

  1)样品类型:无降解,无污染的DNA样品;

  2)样品需求量:≥2μg;

  3)样品浓度:≥30 ng/μl;

  4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。

案例分析

1.目标区域测序与外显子组测序研究肿瘤异质性

  以肺腺癌患者为研究对象,发现肿瘤异质性在不同癌症类型之间可能各不相同。研究人员对来自11个手术切除局限性肺腺癌的48个肿瘤区域进行了全外显子组测序,发现76%的突变以及21个已知癌症基因突变中的20个存在于同一肿瘤的所有区域。平均21个月后随访发现,11位患者中有三人复发。这三人均具有更大比例的亚克隆突变(肿瘤某部分区域的异质性突变)占到了总突变的40%,而相比之下没有复发的患者中亚克隆突变只占17%。

  研究表明这些亚克隆突变有可能驱动了肿瘤的复发。


肿瘤异质性鉴定


  2.常染色体隐性色素性视网膜炎致病基因定位

  通过对近亲结婚家族的一个色素性视网膜炎病人已报道的144个致病基因进行目标区域捕获测序,以及对该病人及病人的父母和姐姐进行全外显子组测序,找到新的致病基因SLC7A14;进一步对248名无亲缘关系的常染色体隐性遗传色素性视网膜炎患者进行外显子组测序和直接筛查,发现SLC7A14基因突变导致了其中2%的常染色体隐性遗传色素性视网膜炎病例;后续研究发现SLC7A14基因在人类视网膜观光层中特异表达,且随着视网膜发育表达水平提高。


arRP患者的家谱和临床特点


  参考文献:

  1. Intratumor heterogeneity in localized lung adenocarcinomas delineated by multiregion sequencing(Science, IF=3.611,2014)

  2. 7A14 linked to autosomal recessive retinitis igmentosa (NATURE COMMUNICATIONS, IF=11.47 ,2014)


注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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