泛基因组测序

产品简介

泛基因组即通过de novo组装策略，构建不同亚种或生态型全基因组序列，从而完善该物种基因集并获得个体特异基因信息。现在的研究趋势逐渐转向探索更大分类阶元的进化关系，通过具有内在关联的不同属或科内物种测序分析，我们可以发现物种保守功能元件及其特异序列，有利于理解物种形成的分子进化机制及其与自然选择的关系。

内容分析     

标准信息分析

1.泛基因组组装：

GC含量分析；测序深度分析；通过参考基因组构建super-scaffold。

2.泛基因组结构注释

核心基因组预测；非必要基因组预测；重复序列注释；Non-coding RNA注释。

高级信息分析

1.泛基因组功能注释：

Nt注释分析；Nr注释分析；KEGG代谢通路分析；COG分析；GO注释（Gene Ontology）；TrEMBL注释分析。

2.比较基因组学分析：

分析不同亚种的特有基因和基因家族的数量、功能；构建系统发育树；估算分化时间（需要有化石标定）；基因组共线性分析；

3.基于泛基因组的多态性标记检测（包含相似的基因区域和高度差异的基因区域）：

SNP检测；Small InDel检测；SV检测；CNV检测；PAV检测。

样品要求

1.样品类型：基因组DNA；

2.样品需求量：小片段文库≥1 μg；2 Kb~6 Kb大片段文库≥20 μg；10 Kb大片段文库≥30 μg；20 Kb和40 Kb大片段文库≥60 μg；完成全基因组测序样品DNA量需求约为500 μg~1 mg；

3.样品浓度：小片段文库≥30 ng/μl，大片段文库≥133ng/μl；

4.样品纯度：OD260/280为1.8-2.0；

5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）

案例分析

1.大豆泛基因组图谱构建

  大豆是重要的油料和高蛋白粮食兼用作物，大豆基因组序列在2012已经公布，然而寻找大豆中主要的遗传变异还存在一定的局限性，原因是野生大豆的变异要远高于栽培大豆。因此，本研究针对7株来自亚洲不同地域的大豆进行de novo测序并组装，为更了解大豆的遗传信息作出贡献。7种大豆组装结果Contig N50：8-27kb之间，Scaffold N50：17-65.1kb之间，组装基因组大小在813-985Mb之间。与已经公布的大豆基因组比较鉴定出大量SNP、indel、CNV等结构变异位点。利用670个保守的直系同源基因进行7种大豆的系统发育树的构建。

7种大豆的测序及组装结果

大豆泛基因组变异图谱

7种大豆的遗传进化分析

2.3000份水稻的泛基因组研究

亚洲栽培稻是全球主要的粮食来源，同时也是植物生物学研究的一种模式作物。本文针对超过3000份的水稻种质进行平均深度达14.3X的全基因组测序，为水稻的研究提供极大的基因组学数据资源。本文将3000份水稻的测序数据进行可视化处理，并制作成可以进行检索的数据库。该数据库共包含3010份水稻的序列信息、基因注释以及大片段插入缺失和基因表达量的信息。与水稻参考基因组比较，发现了至少12000个新基因。

3000份水稻泛基因组浏览器流程图

水稻基因的识别和展示

泛基因组测序信息由南京集思慧远生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于泛基因组测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途