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全基因组survey

参考报价: 面议 型号: 全基因组survey
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 11 信息完整度:
样本: 典型用户: 暂无
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产品简介

基因组调研图研究是对于没有基因组参考序列的物种,基于小片段文库的低深度测序数据,快速获得基因组基本信息。进而为制定该物种的全基因组组装测序策略提供有效依据。


  应用领域

  •物种基因组大小评估;  

  •物种基因组GC含量评估;  

  •物种基因组杂合度评估; 

  •物种基因组初步组装。


  产品优势

  •利用K-mer分析快速评估出物种基因组基本信息;  

  •通过基因组的初步组装进行SSR标记开发。


  技术路线

内容分析

      分析内容

  标准信息分析

  1.数据基本处理,去低质量和接头序列;

  2.K-mer 分析以及基因组大小估计;

  3.杂合率估计;

  4.精细图建库方案评估;

  高级信息分析(只针对纯调研图项目,不计入总时间)

  初步组装;

  重复序列预测;

  初步基因预测和注释,NT、GO、KEGG比对;

  GC-Depth 分布分析,判断 测序偏好性;

  SSR标记鉴定。



  样品要求

  1.样品类型:基因组DNA;

  2.样品浓度:≥100 ng/ul;

  3.样品总量:≥30 ug;单次文库制备用量分别为10ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于3次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);

  4.样品纯度:OD260/280为1.8-2.0;

  5.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解。(距送样日最近的电泳结果)

案例分析

1.凡纳滨对虾基因组调研图

  本研究利用170bp,300bp,500bp的三个双端测序文库对凡纳滨对虾基因组进行的初步的分析和组装。去除低质量测序数据后,共得到90.69G高质量数据,大约为凡纳滨对虾基因组的37X。凡纳滨对虾基因组的GC含量为38.16%,K-mer分析的结果表明凡纳滨对虾基因组大小约为2.64Gb,与之前报道的利用流式细胞仪估计的2.45Gb基因组大小颇为接近,说明了结果的准确性。进而结合大片段文库的测序,对凡纳滨对虾基因组进行的初步的组装(结果如下表)。




凡纳滨对虾基因组测序与组装



  2.野生甘薯的基因组调研图

  本研究针对两个二倍体甘薯Mx23Hm和0431-1的基因组de novo测序,进行两个甘薯的基因组调研图的研究。同时对两个甘薯基因组分别进行组装,并且分析了全基因组范围内的SNP及CNV,以及基因的预测和注释。Mx23Hm和0431-1的GC含量分别为35.6%和36%,K-mer分析的结果表明Mx23Hm基因组大小约515.8 Mb,0431-1的基因组大小约539.9 Mb。


两个甘薯基因组杂合度的评估

拟南芥、甘薯、木薯中共有的基因GO注释

影响基因功能的SNP分布情况


CNV的分布情况



  参考文献

  1. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacifc White Shrimp Litopenaeus vannamei(Scientific reports, 2015, IF=5.228)

  2. Survey of genome sequences in a wild sweet potato, Ipomoea trifida (H. B. K.) G. Don(DNA research, 2015, IF=5.267)


全基因组survey信息由南京集思慧远生物科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于全基因组survey报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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