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全基因组de novo测序

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参考报价: 面议 型号: 全基因组de novo测序
品牌: 集思慧远 产地: 南京
关注度: 4 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无

产品简介

全基因组de novo测序即基因组从头测序,是指对基因组序列未知或没有近缘物种基因组的某个物种的全基因组序列的测序。然后利用生物信息学手段对测序序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列图谱。


  应用领域:

  基因组survey评估

  全基因组组装及注释

  物种进化分析


  产品优势:

  随着越来越多物种基因组序列不断解读,重测序适用范围越来越广;

  信息准确全面,有效挖掘全基因组范围内遗传变异信息,开发海量标记;

  有助于进行遗传进化分析和重要性状候选基因的预测等研究;

  测序技术成熟,测序及分析结果具有高质量研究价值,易于发表高质量文章。


  技术路线:


内容分析        

      分析内容:

  1.基因组拼接组装统计

  提供基因组拼接的基本信息,包括原始数据统计、测序覆盖度统计、Contig N50大小、基因组GC含量等信息。


  2.基因组注释

  包括基因预测、功能基因注释(与Nt、Nr、Swiss-Prot、Interpro等数据进行同源比对)、重复序列分析及Non-coding RNA注释等。


  3.基因功能分类

  GO富集分析、KEGG通路分析比较基因组学及进化分析。通过比较相近物种的基因组数据,从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标物种基因组进行深入分析。


  4.建立数据库

  建立符合国际标准且具有良好兼容性的基因组数据库,实现基因组数据的方便查询和全球共享。


  样品要求:

  1)样品类型:单倍体、纯合二倍体或杂合率低于0.5%的二倍体基因组DNA样品;

  2)样品需求量:小片段文库≥1 μg;2 Kb~6 Kb大片段文库≥20 μg;10 Kb大片段文库≥30 μg;20 Kb和40 Kb大片段文库≥60 μg;完成全基因组测序样品DNA量需求约为500 μg~1 mg;

  3)样品浓度:小片段文库≥30 ng/μl,大片段文库≥133ng/μl;

  4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.0;无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染;

  5)样品质量:基因组完整。如需建立≥5 Kb的插入片段文库,要求普通琼脂糖电泳(推荐用0.6%凝胶,选用λ-HindIII digest或其它具有20Kb以上条带的ladder,80-120V电泳40-60min)结果,基因组DNA主带应在λ-HindIII digest最大条带23Kb以上,若有脉冲场电泳结果,则DNA主带应在40 Kb以上;

  6)若提供组织样品,则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶;动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。尽量选择同一个体取样,以减少个体差异性对后续拼接的影响。如果动物样本的性别决定模式是XY型,则尽量选择雌性个体(XX型),如果是ZW型,则尽量选择雄性个体(ZZ型)。

案例分析

1.鲤鱼全基因组序列图谱

  鲤科鱼类是我国重要的水产养殖种类,也是世界性的重要养殖鱼类。本研究经过全基因组鸟枪法数据拼接和组装等多种技术途径,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制工作,为鲤鱼基因组辅助育种研究、优良品种快速培育提供了重要基础。鲤鱼基因组大小约为1.7Gb,拼接组装所获得的Scaffold的N50长度为404 Kb。


鲤鱼基因组比较分析


  2. 蝴蝶兰全基因组测序

  这项研究完成了蝴蝶兰全基因组测序和组装,是世界上第一个完成测序和分析的兰科植物和景天酸代谢(CAM)植物的基因组图谱。从基因组序列上来看,蝴蝶兰共有29,431个蛋白编码基因。这些蛋白编码基因的平均内含子长度达到2,922碱基对,这一长度显着超过了迄今为止所有植物基因组中平均内含子长度,进一步分析发现蝴蝶兰内含子中的大量的转座元件是蝴蝶兰超长内含子的主要原因。


分析蝴蝶兰基因组中的重复基因间的同义替换率


  参考文献:

  1、 Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean (nature biotechnology, 2015, IF = 41.514 )

  2、 Whole-genome sequencing of six dog breeds from continuous altitudes reveals adaptation to high-altitude hypoxia (Genome Research, 2014, IF =14.63)

注:该仪器未取得中华人民共和国医疗器械注册证,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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