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金秋丰收季,集思慧远基因家族文章一览

发布时间: 2019-09-23 22:00 来源:南京集思慧远生物科技有限公司

金秋九月迎来了丰收季,集思慧远也不断收到多位合作客户文章见刊的喜讯!作为集思慧远“短、平、快”明星产品之一的基因家族项目更是捷报不断,有动物的,有植物的,有参考基因组的,有无参考基因组的,今天小编就来盘点一下具有代表性的几篇文章。


文章一【有参+植物】

Genome-Wide Identification and Expression Profiles of Late Embryogenesis-Abundant (LEA) Genes during Grain Maturation in Wheat (Triticum aestivum L.)

杂志:Genes

影响因子:IF=3.331

文章简介:

       胚胎后期富集蛋白基因家族(Late embryogenesis-abundant,LEA),在植物生长发育阶段扮演重要角色,尤其是在种子成熟过程中的细胞脱水耐性上。为了全面了解LEA家族在小麦中的作用,本文用最新的中国春基因组序列进行全基因组鉴定,共得到121个家族基因,划分为8个类别。LEA家族成员分布于所有的染色体中,并且普遍内含子数量较少,表达谱分析结果显示在籽粒中有特异性表达,qRT-PCR分析结果显示12个基因在两个春小麦品种籽粒成熟后期均有较高表达。统计分析表明Yangmai16比Yangmai15在开花后25天后有8个基因显著高表达。综上所述,本研究为今后TaLEA基因的功能分析和在育种中潜在价值提供的更多的参考依据。


文章二【无参+动物】

Chemosensory Gene Families in the Oligophagous Pear Pest Cacopsylla chinensis (Hemiptera: Psyllidae)

杂志:Insects

影响因子:IF=2.139

文章简介:

       化感系统在昆虫行为中起着重要作用,一些关键基因的可以用来作为害虫防治的新靶点。梨木虱是一种寡食性害虫,是梨树上的主要害虫之一,却很少有分子层面对其与宿主作用的研究。本文使用转录组方法开发 63,052 Unigenes,从中鉴定了来自5个基因家族的36个化感基因,其中12个odorant binding proteins (OBPs),11个chemosensory proteins (CSPs),7个 odorant receptors (ORs),4个ionotropic receptors (IRs),2个 2 gustatory receptors (GRs)。这些家族在其他半翅目昆虫中也被发现,从而说明本文的研究方法对于发掘化感基因是有效的。本文随后将这些基因进行qRT-PCR分析,得到一些基因在雄性和雌性的头部组织,以及偏若虫上有特异性表达。该项研究结果进一步丰富了梨木虱的基因资源信息,同时为进一步开发分子靶点提供了帮助。


文章三【有参+植物】

Genome-Wide Characterization of AspATs in Populus:Gene Expression Variation and Enzyme Activities in Response to Nitrogen Perturbations

杂志:Forests

影响因子:IF=2.116

文章简介:

       天冬氨酸转氨酶(AspAT)家族,催化谷氨酸和草酰乙酸之间的可逆转氨反应生成天冬氨酸和2-氧戊二酸,在所有细胞有机体中的氨基酸生物合成和氮的稳态和碳代谢中发挥主要作用。对于AspAT研究的时间较久了,但是其家族成员间各自的生理和分子特性还不是很清楚,特别对于林木来讲更是如此。本文以黑杨木,一种模式木本植物,进行全基因组的AspAT家族成员鉴定分析。最终共鉴定出10个AspAT 家族基因,进而进行系统发育分析、基因结构分析、染色体分布分析、顺式作用元件、保守基序、亚细胞定位等方面的研究。通过RNA-seq和qRT-PCR进行了组织特异性的表达定量分析,也进一步在Nanlin89杂交系中进行时空表达的评价。在缺氮和季节性衰老的影响下,5个AspAT在叶片中表达为上调,至少6个AspAT在根系中显示为下调。通过凝胶电泳检测到在缺氮下AspAT活性被显著抑制,表明酶活可作为一个氮胁迫状态下更直接的生理指标进行检测。总结来说就是表达谱和酶活检测为揭示特定基因在木本植物氮吸收再转运调控中的生理意义提供了理论依据。


文章四【无参+植物】

Identification and functional analysis of LecRLK genes in Taxodium ‘Zhongshanshan’

杂志:PeerJ

影响因子:IF=2.353

文章简介:

       凝集素受体样蛋白激酶LecRLKs能将外界刺激转化为细胞内信号,在植物发育和环境应激反应中发挥重要的调控作用。然而,对针叶树LecRLK基因家族的研究却鲜有报道。在“中山”杉植物的转录组中发现了突变的LecRLK基因。利用生物信息学方法分析了LecRLK基因及其共表达基因的分类、结构域、亚细胞定位预测和表达模式。在6个组织和5种不同环境应激条件下,进一步选择15个具有代表性的基因进行qRT-PCR分析。共鉴定出297个LecRLK基因,其中G型155个,L型140个,C型2个。根据分类,G型和L型LecRLK基因可分为7组。G型蛋白的结构域比L型和C型蛋白的结构域更为复杂,在G型和L型中发现了多种保守的motifs,通过预测和瞬时表达实验确定亚细胞定位,发现LecRLK主要集中在细胞膜系统上和一些成员同时位于多个位置。RNA-seq分析表明,在每个组内成员有功能性分歧与冗余存在,共表达分析显示信号转导和环境适应相关的pathway被富集,qRT-PCR也证明了不同组间的功能差异。这是首次对落羽杉LecRLK基因家族进行鉴定和表达分析的研究。这些结果为进一步研究该重要基因家族在落羽杉中的进化和功能提供依据。


文章五【有参+植物】

Genome-wide identification and classification of MIKC-type MADS-box genes in Streptophyte lineages and expression analyses to reveal their role in seed germination of orchid

杂志:BMC Plant Biology

影响因子:IF=3.67

文章简介:

       MADS-box基因在植物花器官形成和植物生殖发育中起着至关重要的作用。在此,作者对29种物种的MADS-box蛋白进行了全基因组分析。共鉴定出1689个MADS-box蛋白.在陆生植物中发现了两种称为第一型和第二型的MADS-box基因,但在草本植物中却没有发现这两种基因。在所有被鉴定的开花植物中存在SQA、DEF/GLO、AG和SEP子家族,在裸子植物银杏中不存在SQUA,而在轮藻、苔类、苔藓或石松植物中没有发现4个子家族的基因。这有力地证实了一种观点,即花器官识别基因的克隆导致了开花植物花发育的进化。在两种兰花中有9个MIKCC基因亚家族,分别为马尾兰和蝴蝶兰,而TM8、FLC、AGL 15和AGL 12亚家族可能丢失。此外,在这两种兰花中,花器官识别基因的四个克隆显示了保守的和发散的表达模式。在D.铁皮石斛中,仅有3个MKC型基因受到冷胁迫诱导,15个MIKC型基因在种子萌发过程中表现出不同的表达水平。

小结

       基因家族文章,投入低、产出快,俗称“灌水小能手”。殊不知基因家族也是一种“稀缺资源”,一个物种上就那么多,鉴定完发一个就少一个,这种类型的文章引用率又很高,所以往往是“今天你爱答不理,明天就高攀不起”。所以想做就要抓紧,集思慧远专业技术团队等您来询,电话:025-85381280,期待与您的合作!



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