【文库寻宝 第2篇】TruSeq® Exome

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TruSeq® Exome是一种经济高效且有着业界领先准确性的文库制备和外显子组富集方案，适用于具有挑战性的样本（如FFPE样本），使研究者可以准确的检出变异，以及深入了解编码突变。

TruSeq方法制备文库并富集外显子组

TruSeq Exome试剂盒为许多不同类型的样品而优化，保持始终如一的表现。文库制备流程从100 ng经过机械打断的起始DNA开始，产生大小均一的文库。这种通过超声破碎实现的机械打断也支持受损样品的使用，如那些包含 DNA 短片段的样品。利用补平反应和核酸外切酶活性的组合产生平末端的DNA片段，接着利用提供的AMPure固相可逆化固定（SPRI）磁珠进行片段大小选择，然后在每条链的平末端添加一个A碱基，为带标签序列的接头的连接做准备。这些接头包含测序引物杂交互补位点，带来单一的带标签的双端对读序列。接头与片段连接后，利用PCR扩增连接后的产物。接着，将文库混合并变性，让带生物素的探针与目标区域杂交，利用链霉亲和素磁珠来富集。在另一个PCR反应之后，将片段从磁珠上洗脱，即可用于上机测序。这种简化的流程产生大小约为150 bp的插入片段，2.5天内即可完成。

图1：TruSeq Exome实验流程 – TruSeq Exome Library Prep Kit 结合了文库制备与外显子组捕获，不到2.5天即可完成

经济高效地获得高数据质量

TruSeq Exome Library Prep Kit支持12重的混合，让研究人员能在每个流动槽通道中最多测序12个文库，从而最大限度提高测序通量，并在更短时间内鉴定出变异。TruSeq Exome Library Prep Kit能达到命中目标率 ≥80% 的测序序列。有了如此高的命中百分率，只需较少的测序循环就能达到所需的覆盖度水平。与此同时，TruSeq Exome Library Prep Kit能达到很高的覆盖均一性，其中85% 以上的碱基都至少以10x深度覆盖。它还能在每次运行中测序更多外显子组，让研究人员最大限度地利用经费。

图2：靶向富集 – TruSeq Exome Library Prep Kit获得了标靶命中率 80% 的测序序列，实现高效、经济的外显子组测序

图3：高覆盖均一性 – TruSeq Exome Library Prep Kit有着均一的覆盖度，其中90% 以上的目标以10x深度覆盖

准确而可靠的发现

TruSeq Exome 试剂盒的重复性、高覆盖均一性与 SBS 方法相结合，可以得到高度准确的变异检出。使用 TruSeq Exome 建库和 Illumina 测序所检出的变异中，超过 99.65% 与美国国家标准与技术研究院（NIST）数据库中的标准参考数据相匹配。

图4：与 NIST 数据库高度一致 – 按照 TruSeq Exome 实验流程检出的变异与标准参考数据高度一致。我们对法国人类多态性研究中心（CEPH）DNA 样本 NA12878 进行了测序，覆盖深度达 100x。我们对 SNV 检出进行了报告。精确性指的是所检出变异是准确的可能性。再检出率指的是检出已验证变异的可能性。

测序数据可从Illumina系统自动传输到BaseSpace®，Illumina的基因组学云计算环境。BaseSpace平台省略了经典分析流程的大部分复杂工作，简化了数据分析和生物学解释工作。BaseSpace提供了一个为生物学家而设计的完整数据分析工具的成熟生态系统。有了BaseSpace App，专家优选的分析工具打包放在直观、用户友好的界面下，这样任何研究人员都能获取可靠的分析方法，而不需要有生物信息学的经验。研究人员可选择使用 BWA Enrichment App 来分析外显子组数据，它使用业界标准的 BWA/GATK 方法，也可以使用 Isaac™ Enrichment App，它使用快速准确的 Illumina 方法。

对于那些研究疾病遗传基础的生物学家，VariantStudio App 实现了与疾病相关的单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（indel）的鉴定和功能解释。研究人员可快速过滤和分离重要的变异，以富集有生物学意义的测序数据。重大发现以简洁的报告导出。有了 VariantStudio App，研究人员只需几步就能探索生物学意义。

图5：BaseSpace App 简化数据分析工作 – 外显子组测序数据可安全、无缝地传输到 BaseSpace 中，并通过 BWA Enrichment App 或 Isaac Enrichment App 进行分析。结果以容易读取的格式提供。

结语

TruSeq Exome Library Prep Kit为鉴定和了解编码变异提供了一个简化而经济高效的方法，并且数据准确性极高。完整流程的整合，包括领先的测序技术和易用的分析工具，让研究人员能够以一套方案中实现他们外显子组测序的所有需求。

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