【文库寻宝 第1篇】TruSeq® Custom Amplicon Low Input

【小编提醒】“文库寻宝”系列文章共计6篇，此为第1篇。请大家寻找每篇中亮橙色标记的2个关键词，开始寻宝吧！活动详情：http://mp.weixin.qq.com/s/JuVwNhWBgSOAqiDOpZbr4g 

TruSeq® Custom Amplicon Low Input是一个可扩展的扩增子测序方案，针对低样本起始量和FFPE 样品可获得高灵敏度、高特异性的检测结果。

强大的定制化设计

寡核苷酸探针是利用Illumina DesignStudio™软件设计的，这是个方便易用的免费在线工具，提供了优化的覆盖度（对于全部基因，达到> 94%的计算平均覆盖度；对于20 个最常见的基因，达到 > 97% 的计算覆盖度）。Illumina Concierge服务还提供了额外的设计支持和扩展功能，可结合分子标签，从而增强等位基因检测，并提高灵敏度。独特的分子标签 (UMI) 可去除PCR重复，实现单个分子的检测。TruSeq Custom Amplicon Low Input检测试剂与双链测序兼容（可经由Illumina Concierge获得），可避免因福尔马林固定过程中的脱氨基而引起的假阳性。Illumina Concierge也提供设计较小扩增子（~100 bp）的能力，提高了片段化DNA的兼容性。

DNA起始量低，且具有FFPE兼容性

这个完全定制的扩增子试剂盒，可利用低至10 ng基因组DNA（gDNA）进行靶向重测序，其单个反应可测序多达1536个合并的扩增子。此试剂盒还兼容福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的样品，可从 10-50 ng FFPE DNA 开始建库和测序流程（取决于DNA质量）。对于FFPE样品，Illumina 还提供了TruSeq FFPE DNA Library Prep QC Kit。它利用简单的qPCR反应来确定DNA质量，并提供测序参数指导（起始DNA的建议量）。

图 2：利用Horizon Diagnostics FFPE样品HD729，在起始量为10 ng时，6 个低至5%的 SNP全部被检测到。TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kit显示了可靠而高重复性的突变等位基因检测。

行业领先的数据质量

TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kit与MiniSeq、MiSeq、NextSeq以及HiSeq等系统兼容， 这些系统采用了现今最广泛应用的边合成边测序（SBS）技术，能获得最高质量的测序数据（即最高比例的 >Q30测序数据）。无论扩增子长度和多重性如何，TruSeq Custom Amplicon Low Input都能带来高覆盖度、高均一性和高特异性的检测结果。有了高质量的结果保证，研究人员能够对数据准确性充满信心，甚至包括那些充满挑战性的目标区段（如重复区域、富含GC的内容）；若希望进一步提高变异检出的可信度，还可选择运行3个重复。

图 3：50ng起始量下，3 种组织（胃、直肠和肺部的肿瘤 / 正常样品）的高度降解 FFPE 样品在多重分析时有着可靠的表现 —— 质量不佳的  FFPE 肿瘤/正常样品（2.5 < ∆Cq < 4）在该定制集上表现出高特异性和均一性，每个样本检测重复3 次。

快速的实验流程

简化的TruSeq Custom Amplicon Low Input流程更具优势。它利用简单的磁珠纯化，使其兼容自动化。TruSeq Custom Amplicon Low Input的文库制备可在 6.5小时内完成，其中手动操作时间仅为3 小时。

简化的分析流程

在BaseSpace Sequence Hub平台上，一键式的应用程序在用户友好的界面上提供专家优选的流程，从而简化了数据分析。其中，TruSeq Amplicon App简化了定制集合的分析，并以容易读取的形式提供结果。VariantStudio App从测序数据中快速过滤、鉴定和分类与疾病相关的变异。我们提供范例数据集，可在BaseSpace Sequence Hub中浏览，这样研究人员在采用解决方案之前，可探索和评估Illumina试剂盒及系统所产生的数据。

无缝整体解决方案

Illumina用于扩增子测序的完整流程，让生物学家能够获得一个 “从设计到分析” 的整体解决方案。首先，寡核苷酸探针由 DesignStudio™软件设计；其次，制备文库和测序的阶段，TruSeq Custom Amplicon Low Input为Illumina测序系统设计和优化，无需其他的实验室设备；最后，数据可从Illumina系统直接转移到 BaseSpace®基因组学计算环境中进行分析。全套的文库制备、测序和数据分析方案，技术和现场专家支持，以及Illumina支持团队的综合知识，确保问题得到快速解决，并最大限度减少可能的实验停滞时间。

结语

TruSeq Custom Amplicon Low Input Library Prep Kit为扩增子测序提供一个无缝的全套检测流程。满足低DNA起始量要求并可以产生高质量的数据，能够让研究人员能够更自信处理最具挑战性的样品。

请扫描二维码了解文库寻宝详情：即刻开始收集线索，3月3日-10日完成藏宝图。