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Illumina推出两款新测序仪

发布时间: 2014-01-15 03:04 来源:Illumina因美纳(中国)科学器材有限公司

Illumina在摩根大通健康产业投资会上宣布推出两款新测序仪:NextSeq 500 和 HiSeq X Ten。

 

NextSeq 500              HiSeq X Ten

这两款新测序仪采用了新的测序技术,分别瞄准两个不同的细分市场。NextSeq 500是桌上型测序仪,有两种测序模式—中通量模式每个run产出40G数据,高通量模式产生120G数据。“简而言之,NextSeq 500是将HiSeq的快速模式移植到了MiSeq大小的机器上”,Illumina CEO Jay Flatley如是说。

HiSeq X Ten主要是为了大规模的基因组重测序项目设计的。这个测序仪10个一套打包出售,每个测序仪能在一天之内产生5个人类基因组的数据,或是3天1.8T的数据量。

Illumina同时还将在今年第二季度推出两款HiSeq的新试剂。今年5月,Illumina将提供“6天1T”的新试剂,同时计划将HiSeq的快速模式升级至2×250 bp。

Flatley同时透露,Illumina今年将为HiSeq 2500申请FAD认证。


NextSeq 500


NextSeq 500系统整合了新的SBS技术和改进后的光学系统。

Illumina现有的测序仪采用四色荧光,分别用四种不同的光学通路识别。NextSeq 500将采用“双通路”,碱基G无色(暗),A和C为一个荧光,T有两个荧光。

双通路模式使得测序试剂更为简单,也让测序过程中的图像减半。

NextSeq 500可以使用两种不同的flow cell。中通量的FC含有130M clusters,用2×75试剂能在15小时内产生16-19G数据,或使用2X150试剂,在26小时内产生32-39G数据。高通量FC含有400M clusters,用1X75试剂能在11小时内产生23-30G数据,2×75试剂能在18小时内产生50-60G数据,或使用2×150试剂,在29小时内产生100-120G数据。第一种试剂很适合开展无创产前诊断,而2×150试剂能在一个run中产生30×的人类基因组数据。

数据量

数据量

周期

中通量FC

2×75

16-19 G

15小时

2×150

32-39 G

26小时

高通量FC

1×75

23-30 G

11小时

2×75

50-60 G

18小时

2×150

100-120 G

29小时

除了使用“双通路”测序试剂,Illumina还重新设计了光学元件。Flatley说NextSeq 500采用新的LED摄像模块,大大节省元件本身的尺寸、重量和成本。采用该技术,一台NextSeq上整合了6个摄像头,使该机器的图像处理能力达到了MiSeq的6倍。

NextSeq 500还采用了其它20余种新技术。改机器使用新型的flow cell设计,可以适应低分辨率的光学元件,以及新的测序试剂,同时它还有其他优点,比如可以在干燥的条件下运输。

NextSeq 500的主要竞争对象是Life Tech的Ion Proton。Ion Proton的PI芯片能产出10G数据,PII芯片将能产生20-30G数据。

NextSeq 500是目前唯一一台能在单个run中产出一个人类基因组数据的桌上型测序仪。该机器的操作将与MiSeq一样简单,适用于多种科研和转化应用,比如无创产前诊断。无创产前诊断市场已经出现了分化,现有的大型服务商已经基于HiSeq研发出了一套标准流程,但新进的竞争者并没有足够的样本来完成流程开发。该机器的市场定位也面向需要做少样本量人类重测序的实验室。


HiSeq X Ten

NextSeq是一款高度灵活的测序平台,但Illumina的另一款新机器只有一个应用—人类基因组重测序。

HiSeq X Ten能在一天时间内产生600G数据,足以得到5个人类的基因组;或是在不到三天的时间里产出1.8T数据。Flatley预测,“工厂级别”的人类基因组重测序需求很快就要爆发。

第一套HiSeq X Ten系统将在今年3月发货,Illumina已经卖出三套,买家分别是韩国的千年基因,澳大利亚的Garvan研究所和美国的Broad研究所,其中Broad买了14台。Flatley预计今年能卖出5套。

HiSeq X Ten采用了新的芯片技术,提高了cluster的密度,大大压缩了测序周期。目前HiSeq采用的flow cell上,cluster是随机产生排布的;而HiSeq X Ten的clusters在nanowells中产生,有固定的精确位置。通过这个技术改进,可以得到更多的数据,同时图像处理也更为简便。这个测序仪配备了双向扫描,能把扫描速度提升6倍,同时还采用了新的软件处理大数据量,快速的双端测序转变,以及新的聚合酶。


HiSeq X Ten使得1000美金的人类基因组测序真正成为了可能。一个run的试剂价格为$12,700,能产生16个人类基因组数据,折合800美金一个人类的基因组。每个基因组再平摊137美金的仪器折旧,60美金左右的建库等其它成本,总成本能控制在1000美金左右。

一年下来,一组HiSeq X Ten能完成18000个人的基因组测序,4组HiSeq X Ten在一年中测得的人类基因组将比之前全世界的总和还多。它的市场定位也主要面向大规模的群体研究,Illumina预计这类研究的需求将会越来越大。Fellis(Illumina的市场和产品总监)说:“通常这种项目都是国家级的,而科研单位都不愿把样本交给其他国家的测序商,比如BGI。”

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