DNA靶向测序panel——7个你不可不知的问答

在之前举办的NGS系列讲座中，我们邀请专家为您介绍了从样本制备到数据解读报告的全面NGS技术应用。讲座收到了众多反馈与咨询，在此我们总结出最受关注的7大问题，与您分享。

1 QIAGEN的靶向基因扩增试剂盒能用在哪些NGS平台？

GeneRead DNAseq Targeted Panels V2适用于Illumina®和Ion Torrent®测序仪。靶向富集后，您可依据所用的测序平台，使用QIAseq 1-Step Amplicon Library Kit（用于Illumina测序仪）或GeneRead DNA Library Core L Kit（用于Ion Torrent测序仪）进行测序文库制备。

2 采用DNA靶向技术进行液体活检cfDNA测序时，最小测序深度建议是多少？

对于体细胞突变的位点的鉴定，我们建议测序深度为1500x。

3 PCR富集方法和捕获富集法二者有何不同？我应该用哪种方法？

芯片或杂交捕获法适用于测序靶标较长的情况。PCR富集方法则适用于目标长度在1 Mb左右的靶标富集。因此您需要依据研究需求选择富集方法。PCR法特异性更高、均一性更好、可重复性更强。

4 QIAGEN的富集方法能够检测哪些类型的变异？

您可检测点突变、插入/缺失突变和拷贝数变化。

5 我可以只为需要研究的位点定制panel吗？

是的，您可使用GeneRead DNAseq Custom Builder定制您实验所需的多重PCR靶向富集panel。

6 我从液体活检样本中能获得多少DNA？

从1 ml的血浆中能获得约1–50ng的游离循环DNA。样本类型（如肿瘤样本或非肿瘤样本）、样本采集过程、储存和处理的方法对于产量都会产生影响。

7 扩增子通常会覆盖基因所有的外显子区域吗，还是仅覆盖需要研究的热点区域？

两种情况都可以。多数panel覆盖靶基因的所有外显子区域，而human tumor actionable mutation panel仅覆盖需要研究的相关热点区域。

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