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PCT-DIA蛋白组学技术

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参考报价: 面议 型号: PCT-DIA蛋白组学技术
品牌: 鹿明生物 产地: 上海
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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

PCT技术可最大限度地减少样品前处理的步骤,并且使样品损失最小化,可处理低量的珍贵样品。DIA技术无通量限制,可用于大规模样本数量检测。将这两种技术强强结合,可实现针对石蜡/甲醛处理的组织样本及微量样本的蛋白组学分析,运用其通量高、稳定性强、速度快和精度高的特点,可解决微量样品难以分析蛋白质组的技术难题。当然,做完蛋白组学检测,您或许会想要进一步验证结果,高效的蛋白组PRM验证技术值得您关注。

实验原理

DIA技术简介

DIA技术是先利用常规DDA质谱检测技术分析建立图谱库,之后采用DIA方法进行质谱数据采集,从而实现对样品中蛋白质的定性及定量,不同于传统的DDA技术,DIA技术将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,因此可以无遗漏地获得样本中所有离子的全部碎片信息,数据利用度大大提高,缺失值更少。因此,DIA技术更适合于大样本量、复杂体系的蛋白检测

 

  图 | DIA技术流程

DIA技术优势

DIA技术较传统的iTRAQ/TMT/Labelfree蛋白组技术而言,具有如下优势

1. 保证了数据的完整性,缺失值少。 

2. 克服了iTRAQ/TMT的通量低的限制。 

3. 提高了低丰度蛋白的检出率。 

4. 鹿明生物基于Thermo公司的QE-HF高端质谱,检出率提升20%以上。


技术的特点

压力循环技术(PCT)

样本处理方法也很重要。多数临床样本为了能够长久保存,通常是经过福尔马林固定、石蜡包埋的坚硬的柱状组织,从中提取足够的多肽是一大难题。基于压力循环技术的新方法,可以从1立方毫米(1~2毫克)的临床样品中提取50~200微克的多肽,能够做上百次质谱分析。整个流程可以在3小时内完成,足以满足大部分临床需求,这也大大降低了蛋白质组分析成本。

 

PCT技术简介

PCT技术是一种样品蛋白质组处理技术,通过在超高压和环境压力之间程序性周期性变换,诱导样品的基质和蛋白质溶解,促进并加速蛋白质酶解。对于临床样本,PCT还可以灭活潜在的传染微生物。PCT技术具有速度快、损失少、操作简便、保真度高等特点。

PCT优势

1、可处理特殊、珍贵、微量样本:石蜡包埋样本(1mg)、甲醛固定样本(1mg)、临床活检样本(1mg)、微量细胞样本(50万)、花粉/鱼苗等(1mg);

2、高效的酶解效率;

3、损失少:PCT处理1mg样本(如小鼠肝脏)的产率高出传统方法的40%;

4、操作简便:比传统样本处理方法减少近10步骤,仪器操作简单,误差小;

5、保真度高:Barocycle(超高压循环破碎仪)精确控制,有效地减少操作误差。

图 | PCT辅助组织裂解和蛋白质酶解的肽段产量和效率  

2018年,《自然》将SWATH列为最值得关注的生物技术之一。鹿明生物也建立了一个非常高效的PCT-SWATH/DIA标准化流程。可将临床的大队列样品,通过高通量PCT-SWATH/DIA技术将检测信息转化成大数据。

应用领域

PCT-DIA结合

PCT技术可最大限度地减少样品前处理的步骤,并且使样品损失最小化,可处理低量的珍贵样品。DIA技术无通量限制,可用于大规模样本数量检测。将这两种技术强强结合,可实现针对石蜡/甲醛处理的组织样本及微量样本的蛋白组学分析,运用其通量高、稳定性强、速度快和精度高的特点,可解决微量样品难以分析蛋白质组的技术难题。当然,做完蛋白组学检测,您或许会想要进一步验证结果,高效的蛋白组PRM验证技术值得您关注。

 

实验流程

实例分析

由JAK2V617F变化引起的蛋白质组学分析

基本信息
材料:Ba/F3细胞系                                                                        主要技术:SILAC、iTRAQ
期刊:Leukemia.                                                                             影响因子:12.105

 

文章摘要
超90%的真红细胞增多症患者都存在JAK2,JAK2V617F的突变,这些突变基因的蛋白产物为临床治疗提供了重要的潜在靶点,但是目前JAK2抑制剂在临床治疗上并不成功。为了提高临床疗效和加深这些原癌基因在造血细胞中的作用,文章通过SILAC技术和iTRAQ技术检测到了受JAK2V617F基因影响的5000多种蛋白和2000多个核内磷酸化位,这些蛋白影响了p53和MYC信号通路,并通过JAK2V617F突变的临床病人的原代CD34+细胞进行了深入验证,同时抑制MYC和上调p53能够有效的清除JAK2V617F阳性的CD34+细胞,这为临床治疗提供了另一种思路。

 

方法流程
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小鹿推荐
本文是通过蛋白质组学研究分子机理的典型文章。不同于一般研究的地方在于采用了两种标记蛋白质组学联合检测和分析,同时研究对象不局限于全细胞,还扩展至细胞核,检测的蛋白不局限于普通蛋白,同时也检测磷酸化修饰蛋白。着手点比较多,通过对数据的整合分析,层层递进,蛋白质组学研究方法可以很好满足此类研究的需求。

 

文献来源
Stella Pearson. et al., Proteomic analysis of JAK2V617F induced changes identifies potential new combinatorial therapeutic approaches. 2017, Leukemia.


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