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工商注册信息已核实!参考报价: | 面议 | 型号: | LC-MS全代谢组 LC-MS Metabonomics |
品牌: | 鹿明生物 | 产地: | 上海 |
关注度: | 308 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
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LC-MS全代谢组
LC-MS Metabonomics
全代谢组又称非靶向代谢组(Untargeted metabolomics),对样本进行全面的、无侧重的检测,通过比较实验组和对照组样本,找出差异代谢产物,结合生物信息分析,找出富集差异通路,整合代谢网络。全代谢组旨在提供一个全面的研究视角来比较差异,通常用于标志物的筛选、分子机制研究及多组学整合分析。
LC-MS全代谢组学
技术的优点
实验流程
分析内容
送样要求
注:顶空进样的样本最少2g
仪器设备
Thermo Scientific TSQ Altis
AB Sciex TripleTOF® 5600
小鹿智囊
1、代谢组研究相对于基因组和蛋白质组研究而言有什么不同之处?
主要特点包括三方面:一、基因和蛋白表达的有效的微小变化会在代谢物上得到放大,从而使检测更容易;二、代谢组学的技术不需建立全基因组测序及大量表达序列数据库;三、因为代谢产物在各个生物体系中都是类似的,所以代谢组学研究中采用的技术更通用。
2、代谢组的样品重复性有什么要求?
代谢组学基于多元统计分析方法进行的,在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品:最少6次,建议8次生物学重复;
模式动物及微生物样品:最少8次,建议10次生物学重复;
临床样品:30次生物学重复以上,如组织样品不好取样,可控制在20次重复以上。
3、靶向代谢检测平台的选择?
GC-MS和LC-MS两种平台各有优势,主要是由目标化合物的理化性质决定,GC-MS适合易挥发性、分子量不太大的化合物,而且,离子源为EI,碎片信息多,有成熟的图谱库,便于化合物检索,对于非挥发性成分则需要衍生化;而LC-MS离子源为APCI或者ESI源,适合做中等或强极性的化合物,分子量范围广,灵敏度高,前处理简单,但是LC-MS的价格要贵点,因此可以根据实际情况选择合适的检测平台。
4、关于代谢组数据库问题,老师经常问起数据库是商业库还是自己建的库,类型?
GC-MS数据库:Nist、feihn;
LC-MS数据库:HMDB、Metlin、自建库(大连化物所-许国旺组)。
实例分析
冠状动脉疾病综合代谢组学特征分析
基本信息
材料:冠心病患者血清 主要技术:LC-MS全代谢组、靶向代谢组
期刊: J. Am. Coll. Cardiol 影响因子:19.896
文章摘要
对来自四个中心的2324名疑似冠状动脉疾病(CAD)患者进行造影检查,分组如下:正常冠状动脉(NCA),非梗阻冠状动脉粥样硬化(NOCA),稳定型心绞痛(SA),不稳定型心绞痛(UA)和急性心肌梗塞(AMI)。通过LC-Q-TOF-MS分析代谢图谱并进行分析。通过对CAD样本的交叉验证比较,共鉴定了89种差异代谢产物。改变的代谢途径包括降低的磷脂分解代谢,增加氨基酸代谢,增加短链酰基肉碱,减少三羧酸循环,以及减少初级胆汁酸的生物合成。作者还发现12个生物标志物AUC值可达0.938至0.996(n = 1,086),在测试阶段预测值为89.2%至96.0%(n = 933),外部集也达到85.3%到96.4%(n = 305)。
方法流程
1、CAD患者
2、血浆收集
3、LC-MS分析
4、差异代谢物
5、OPLS-DA统计分析
6、代谢通路富集
7、代谢产物及相关性分析
8、诊断标志物
9、ROC曲线及外部测试
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代谢组是寻找生物标志物最常用的手段之一,但目前大多数代谢产物生物标志物还不足以取代现有的临床测试,一方面,疾病阶段的复杂性使大多数代谢产物的预测结果受到影响,另一方面,重复性不佳而导致生物标志物的灵敏性和特异性减弱。本文通过对冠心动脉疾病的不同分组及交叉验证确定了代谢标志物,并利用来源不同的样本进行验证,保证了代谢产物标志物的灵敏性、特异性及可重复性,值得临床研究的借鉴。
文献来源
Fan Y et al. Comprehensive Metabolomic Characterization of Coronary Artery Diseases. 2016, J. Am. Coll. Cardiol.
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