蛋白组学+代谢组学

Proteomics & metabonomics

蛋白代谢组学整合分析 

        蛋白组是某种生物所能表达的所有蛋白质，蛋白质是生命功能的执行者，其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用，是生命活动执行者。 

       代谢组是指某个时间点上一个细胞所有代谢物的集合，尤其指在不同代谢过程中充当底物和产物的小分子物质，如脂质，糖，氨基酸等，可以解释取样时该细胞的生理状态。

实验流程

分析内容

实例分析

蛋白组与代谢组整合分析揭示肾癌不同时期的代谢重构

基本信息

材料：人肾癌及癌旁组织             主要技术：DIGE、GC-MS全代谢组、LC-MS全代谢组

期刊：Cancer Res.                   影响因子：9.329

文章摘要

肾细胞癌（RCC）被称为“内科肿瘤”，它有着千变万化的全身性的表现，表明其利用了复杂的、非生理的代谢途径。目前这种癌症的发病率越来越高，并且缺乏有效的治疗靶点。我们采用人类肾癌组织结合不同发展时期的蛋白质组学和代谢组学整合分析，期望确定在本病中癌细胞发生代谢重编程并有效地逃避治疗的机制。在RCC野生型或突变的VHL肿瘤抑制实验中发现，晚期肿瘤Warburg效应比较突出，并且一般表现在三羧酸循环和氧化代谢。此外，我们发现谷氨酰胺代谢途径在抑制活性氧中的作用，并通过上调谷胱甘肽通路得到验证，而β-氧化途径的抑制则导致增加脂肪酰基肉碱。从以前的尿液代谢组学分析结果，我们也找到了色氨酸代谢与免疫抑制有关的证据，而这是RCC的代表性代谢途径。总之，我们的研究结果提供了一个新的在其他疾病中开展的抗代谢治疗策略，并提出了在肾细胞癌治疗作用的评估方法。

方法流程

小鹿点评

本文亮点之一是不同数据整合提高了数据的丰富程度和结果的可靠性。其中，蛋白组的数据是来自于2008年MCP杂志上一篇研究类似样品的数据。这为我们如何简便地利用前人的数据为自己的研究增色提供了很好的思路。另外，也为我们如何充分利用自己的多层组学数据发表更多的研究论文提供了参考。

文献来源

Wettersten et al., Grade-dependent metabolic reprogramming in kidney cancer revealed by combined proteomics and metabolomics analysis. 2015, Cancer Res.

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