【多层组学汇总】平均IF：22 高质量期刊文章，您值得拥有~

编者按：

科研的基本任务就是探索、认识未知。近几年，随着系统生物学的发展，组学（Omics）也得到了迅速的发展。通过多层组学研究的文章也多次”亮相”SCI。继上期【胰腺癌、肝癌、前列腺癌】多层组学在癌症分型和治疗靶点中的应用介绍后。本期，小编针对多层组学的整合分析介绍依旧未停止，让我们一起开看看多层组学在葡萄膜恶性黑色素瘤、骨质疏松症、肾透明细胞癌....中的应用。

No.1：葡萄膜恶性黑色素瘤

葡萄膜恶性黑色素瘤是成年人中最多见的一种恶性眼内肿瘤。在国外其发病率占眼内肿瘤的首位，在国内则仅次于视网膜母细胞瘤，居眼内肿瘤的第二位。此瘤的恶性程度高，眼后是好发部位。易经血流转移，85%转移至肝脏。

本篇由欧易/鹿明生物合作客户上海交通大学医学院范先群教授课题组发表在《Autophagy》的”ZNNT1 long noncoding RNA induces autophagy to inhibit tumorigenesis of uveal melanoma by regulating key autophagy gene expression“运用欧易/鹿明生物lncRNA 芯片、iTRAQ 蛋白质定量技术探究lncRNA 在 UM 肿瘤发生中的作用报道。
 

发表期刊：Autophagy

影响因子：11.059

上海交通大学医学院李鹏、何杰、阳志为共同第一作者，上海交通大学医学院范先群教授、钟清研究员和同济大学张赫教授为共同通讯作者。

文章中 lncRNA 芯片、iTRAQ 蛋白质定量技术由欧易/鹿明生物提供服务。

研究表明，在葡萄膜黑色素瘤中，lncRNA ZNNT1 起到了抑癌基因作用。ZNNT1 可以通过上调 ATG12 表达，调控 ATG12-ATG5 结合，促进细胞自噬，进而抑制了肿瘤的发生。本研究通过运用lncRNA 芯片、iTRAQ 蛋白质定量技术为葡萄膜黑色素瘤的临床治疗提供了新的思路。

No.2：骨质疏松症

观察发现抗逆转录病毒药物会引发感染免疫缺陷病毒患者的骨质流失，而富马酸替诺福韦二吡呋酯（TDF）会引起严重的骨损伤，例如骨质疏松症。

2019年7月，北京大学口腔医院课题组在Therapeutic Advances in Chronic Disease发表题为“Lactobacillus rhamnosus GG attenuates tenofovir disoproxil fumarate-induced bone loss in male mice via gut-microbiota-dependent anti-inflammation”的研究论文，该研究报道了补充益生菌可能对骨质疏松症有效，本文作为此项研究的先导对其中的影响机制进行了进一步的探索。
 

中文标题：鼠李糖乳酸杆菌GG通过依赖肠道菌群的抗炎作用减轻富马酸替诺福韦二吡呋酯诱导的雄性小鼠骨质疏松

材料：小鼠粪便             

发表期刊：Therapeutic Advances in Chronic Disease

运用技术：基因测序、LC-MS代谢组学（由鹿明生物提供技术支持）

本文旨在探索益生菌（LGG）改善骨质疏松症的作用机制。首先使用多种临床以及生理检测手段，对构建的5种小鼠模型进行检测，发现服用LGG确实可改善TDF引起的骨质流失，而且从临床角度观察到相关症状的改变。这些检测也从生理表型进一步确认实验模型的差异。为了进一步研究其作用机理，作者对LGG+TDF和TDF组进行了16S rDNA测序和代谢组研究，发现服用LGG可重构肠道微生物群、改变代谢物组成，并解释了相关机理。本文基于严谨的实验设计、临床和理化试验及多组学联合分析（基因测序+代谢组）的整体研究思路，十分值得借鉴。

No.3：肝脏线粒体

文章以肝脏线粒体复杂分子复合物装配为例，作为电子传递链中的一个重要组成部分，目前对此的认识极为有限。为探究复杂性状下的分子机制，文章联合转录组，蛋白质组，代谢组以及各组学之间的数据综合分析。

材料：肝脏 

主要技术：SWATH蛋白质组，LC-MS代谢组，基因芯片

期刊：Science 

影响因子：37.205
 

文章联合转录组，蛋白质组，代谢组以及各组学之间的数据综合分析。80组共386只不同性状的BXD小鼠的研究共检测到25136条转录本，2622种蛋白，981种代谢物。在检测到的2600中转录-蛋白对中，85%有定量信息的性状位点是由转录组学或蛋白质组学检测得到；基因型和性状之间的复杂关联通过多组学数据综合构建。

No.4：肾细胞癌

肾细胞癌是世界十大常见的癌症之一，其中75%为肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并占据了肾细胞癌死亡的绝大部分。为了揭示ccRCC发生的分子机制，TCGA对基因组、表观遗传组、转录组进行分析，鉴定出包括多种抑癌基因缺失在内的ccRCC分子特征。

2019年10月31日，来自约翰霍普金斯大学的Hui Zhang和Daniel W. Chan、密歇根大学的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎医学院的Pei Wang和临床蛋白质组肿瘤分析协会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）合作在Cell杂志上发表文章Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对未治疗的ccRCC和配对的癌旁正常组织样本进行基因组、表观遗传组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组学的综合性分析。

中文标题：肾透明细胞癌的整合蛋白基因组学研究

材料：未治疗的RCC样本及癌旁正常组织

发表期刊：Cell

运用技术：多层组学整合分析

研究报道了利用基因组、表观遗传组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组学等多种技术手段对ccRCC肿瘤进行大规模蛋白-基因组学分析，解释了基因组改变对功能的影响，为从分子病理学角度合理选择治疗方案提供了依据。

往期回顾

01 【胰腺癌、肝癌、前列腺癌】多层组学在癌症分型和治疗靶点中的应用

02 【多组学深度解读】客户文章 | 西南科技大学运用多层组学整合分析对植物铀毒性机制研究

03 项目文章|Environ Int.,复旦大学重点实验室对短期接触空气细颗粒物污染对尿液代谢组的影响研究（2）

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