R语言精品小班，一场“颜值”盛宴讲堂 | 圆满收官

 海洋越丰富，傍身的技能越多，行走在科研的路上才不会孤单 ~~

今天鹿明生物要跟大家聊的知识是R语言~

许多科研人可能会问，我已经学会了spss/sas/stata...，为什么还要去学习R语言呢?

小编的回答可能比较鸡汤，但确是很中肯的回答。因为工具被传播和广泛的应用本身在于其便捷、易操作，同样的目的能节省我们更多的时间和精力~

下面来说一说R语言本身是什么？能够帮助我们解决什么问题？

首先对于即将进入代谢组学、蛋白组学、多层组学科研研究的同学们来说。您可能会比其他人提前知道一种快捷新方法；对于已经深入科研的研究老师，您会运用这种方法节省不少繁杂图形的处理时间；那么，对于多年在科研行业的资深研究老师呢？相信不用小编多说，如果您觉得好用，可以推荐自己的学生尽快使用起来，可以提高您的教学成本~~

说起R语言是一个开源数据分析软件，能够更好的进行统计计算和绘图是其特色。另外，R语言可以通过安装扩展包（packages）而得到增强，所以其功能已经远远不限于统计分析。

对于蛋白组学、代谢组学、多层组学科研研究老师，R语言的特点在于以下几个方面：

1.编程的入门语言：如果您之前没有编程经验，但是学习工作中经常需要计算、统计、绘图，那R是你的（Python也许不太同意，不管他）。语法结构简单，上手较快，而且函数和packages都有很好的实例文档。

2.R语言是免费的开源软件：目前很多学术期刊对于软件都有版权要求，但是免费的分析软件这方面就不用担心啦~另外，R语言在于是开源软件，优点灵活、更新快，很快就有人将方法编写成扩展包，便于下载和使用。

3.玩代码命令，就是“酷”：相比较于SPSS，虽然很多初学者认为SPSS入门简单，但是对于数据分析来说，命令操作会更加的灵活，更容易进行编程和自动化处理。同时，用命令的代码“狂敲一通”后就能得到分析结果，相信看的人对您投来的目光都会带“星星”吧~~

4.适用范围广，小而强大：R语言的安装包更小，不到40M，完全不用担心电脑的内存问题。同时，它的应用范围比较广泛，在咨询业、金融业、医药业都在大量的使用R语言，包括google/facebook的大公司都在用它。

引 言

鹿明生物·易明学院精品生信小班

上海鹿明生物科技有限公司·易明学院本着好知识要分享的理念，开展本期R语言精品小班。为喜欢R语言，想用R语言解决在组学研究问题的学员提供平台和学习环境。本期鹿明生物小班制的目的也是为了让学员能够更好的理解和学会初级的应用而设定的，教与学、实操及疑惑的解答零距离实现是本期R语言小班制的特色。下面我们一起来看看鹿明生物R语言小班的风采吧~~

伴着10月秋叶轻舞、天朗气清，上海鹿明生物科技有限公司·易明学院的R语言生信小班于2019年10月25日在上海鹿明生物会务中心顺利召开。鹿明生物特邀资深R语言专业老师为本次培训班讲解，同时本期培训班还吸引了各大院校、科研单位的研究者共同聚焦R语言相关理论及应用学习。其中着重对于R语言零基础入门培训课程，让您基础入手R语言，掌握基础软件与绘图技巧。为带着疑问来可以带着答案走的老师解决R语言的各种操作应用。作为一直专注于多层组学研究的鹿明生物能够为各位老师和科研工作者提供更多的方法和应用技能，也是鹿明生物一直在做和努力的方向。

一、培训班风采   

AM  10.25 

开班前奏

鹿明生物·易明学院开班就先来一场“颜值”的盛宴，由专业R语言资深工程师葛老师带来精彩讲解，带我们进入R语言的“前世今生”以及入门的基础知识“小技巧”。并且还可以悄悄的告诉你，我们的葛老师不仅会做有“颜值”的R语言图，老师也是颜值非常在线哦~~话不多说，上图您就知道，葛老师的讲解听下来概括就是：清晰易懂、专业有趣，不愧是葛老师，为我们的R语言起了良好的开头。

图1 | 葛老师精彩演讲

数据结构篇

本期R语言可是纯干货哦~~擅长于GC-MS普筛的定性、数据处理分析和数据库整理更新的小羚羊老师，直接上来就是干货，数据出手，就知道有没有。小羚羊老师深入浅出的将向量、矩阵、数组讲的通透而明了。同时，在R语言中的数据也是有很多需要注意的事项，小羚羊老师通过多年的R语言使用总结，为大家整理了在R语言使用中经常会遇到的问题，也使各位学员在以后的使用中能够少走弯路。

讲师风采

图2 | 小羚羊老师讲解风采

PM 10.25

R语言数据管理

下午，进行本次R语言的重点难点，基本管理到使用实操。那些被实现的“颜值”图形，最重要的离不开数据管理，字符的含义及应用实操是关键。在手把手的操作和每一个小步骤的注意以及小习题的操作练习都是精华。在本节课，学员的注意力都是无比的集中，由熟练掌握Python、R等计算机语言，曾承担实验室生信分析平台的搭建与维护工作，擅长基因组、转录组和代谢组等多组学数据分析小前老师的精彩讲解，相信跟着我们小前老师的节奏，学会R语言实操也是分分钟的事情~

课堂风采

图7 | 小前老师课堂风采

鹿明生信·易明学院的R语言小班的特色就是能够1对1的解决老师的疑问，课后答疑环节也是讨论热烈啊！

R语言绘图篇

数据的应用最重要的是要使用在绘图中。同时，绘图的技巧也是非常重要的，俗话说“一张好图，胜过千言”。上午在我们看过“颜值”图后，下午当然是要用R语言做出这样的“颜值”图啦~~

那么我们的可视化是如何做的呢？

由我们专注于生物信息学分析，有单细胞转录组学分析背景，现在专门做蛋白组学生信分析，主要解决分析报告中图形展示及优化的问题，擅长运用shell编程和R语言解决生信问题的北极星老师精彩讲解。

热图、相关性图、火山图、气泡图、点图、条形图、箱线图、小提琴图、韦恩图都不在话下~

图8 | 北极星老师讲课风采

当然，茶歇的美味甜点也是少不了的...

图9 | 美味小零食

欢乐的笑脸来，满满的收获而归，通过1天R语言的课程，学员们表示受益匪浅。鹿明生物·易明学院培训团队也希望能通过此次培训给学员们带来帮助，帮助学员们更快更好的发文章鹿明生物愿在组学服务中为科研事业的进步努力。也怀着造福他人，成就自己的幸福感继续前行着，最后鹿明生物给广大的科研工作者问候一句，因为您们，我们科研的道路一定会渐行渐远的，期待我们下次培训班的到来吧。

鹿明生物

上海鹿明生物科技有限公司，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。经过近数年的发展沉淀，公司建立起了iTRAQ/TMT、DIA、PRM、修饰蛋白组等蛋白组学技术平台和全谱代谢组、靶向代谢组、拟靶向代谢组、脂质组等代谢组学技术平台以及相应的数据整合分析平台，并建立了科学完整的服务流程和精细规范的操作标准。

公司拥有：

SCIEX-QTRAP-6500,

SCIEX-QTRAP-4000,

Waters Xevo G2-XS,

Thermo-TSQ-Altis,

Thermo-Obritrap-QE,

Thermo-Obritrap-QE-HF,

Aglient-GCMS-7890B/5977A,

AglientGCMS7890B/5977A（带顶空进样装置）

及云计算分析平台等大型检测设备以及完整的样品前处理系统和数据分析系统（拥有各类分析软件及数据库）。

公司荣获国家高新技术企业，通过ISO9001认证，获得代谢组学专利及软件著作等近20余项知识产权专利；同时也取得上海市公共技术服务平台资质认证，获得上海市创新创业计划大赛支持。

迄今为止，鹿明完成服务项目上万个，涉及医学、农业、生态学及工业应用等多个研究领域，发表SCI论文数百篇。

2017年6月，公司与上海欧易生物医学科技有限公司实现战略整合，实现中心法则上中下游多层组学的串联，整合后的鹿明力求打造优质技术平台，争做优质蛋白代谢服务企业，助力生命科学领域的科学家快出成果，出好成果，从而推动科技创新。
鹿明生物，多层组学定制服务专家，为您的科研助力！

END