Nature 子刊 ▏蛋白质组学助力弥漫性胃癌研究新进展

    前言    

胃癌是世界范围内的高发恶性肿瘤之一，尤其在我国更是发病率和致死率都很高的恶性肿瘤。目前我国胃癌每年新发病例约为 68 万例，占全球发病病例的一半左右，大部分患者诊断时已为进展期胃癌。弥漫性胃癌是指肿瘤比较弥散，占据胃部很大范围，医学上也称为皮革胃。而且是原发性胃癌中恶性程度较高的一种，病程短、发展快、预后较差且年轻患者所占比例较大。本期小鹿给大家带来的是 2018 年 Nature 子刊的一篇弥漫性胃癌蛋白质组学研究的文献解读。

    弥漫性胃癌蛋白质组学研究    

基本信息

材料：胃癌组织

主要技术：LC-MS/MS, 非标定量

期刊：Nat. Commun. 

影响因子：12.353


文章摘要

弥漫性胃癌（DGC）是预后最差且难以治疗的一种胃癌亚型。本文分析了 84 例弥漫性胃癌患者肿瘤和癌旁组织的蛋白质表达谱和癌症驱动基因的突变信息，并通过蛋白质组学数据将弥漫性胃癌分为三个亚型（PX1-3）。PX1 和 PX2 展示了细胞周期的异常调节，且 PX2 还有上皮间质转化通路的改变。PX3 富含了免疫响应蛋白，预后最差，且对化疗不敏感。数据分析揭示了弥漫性胃癌的潜在治疗靶点，特别是针对 PX3 患者的潜在免疫治疗靶点。本文提供了弥漫性胃癌丰富的信息和知识挖掘资源，并证实了蛋白质组学数据在癌症分子分型研究中的重要价值。

方法流程

DGC 肿瘤组织 (n=84)

DGC 癌旁组织 (n=84)

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非标定量  |  靶向外显子组测序

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蛋白质表达谱  |  基因突变信息

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数据基本描述


蛋白质组学数据分析

肿瘤分子分型

基因突变与蛋白表达的相关性

DGC潜在药靶分析

DGC 潜在免疫治疗分析

小鹿点评

本文是蛋白质组学在大规模癌症研究中的典型应用。LC-MS/MS 非标定量技术具有鉴定蛋白数多、数据易处理分析等优势，广泛应用于样本的蛋白质组学鉴定及定量研究中。尤其对于大规模蛋白质组研究，非标定量已成为主流的研究技术。本文对弥漫性胃癌进行研究，发现部分 DNA 突变信息无法反映到蛋白质上，认为精准医疗需结合蛋白质信息。通过分析蛋白质组学数据，对 DGC 患者进行分子分型，揭示了癌症的异质性。文章对于蛋白质组学数据的分析和解读值得借鉴。

文献来源

Ge S. et al., A proteomic landscape of diffuse-type gastric cancer. 2018, Nat Commun.