Oligo反相离子对的表征与纯化

发布时间： 2020-02-28 14:10 来源：艾杰尔-飞诺美（Agela & Phenomenex）

2019年新冠病毒的确诊包含RT-PCR法、CT影像、基因测序等方法，其中RT-PCR核酸检测体系中所用引物与探针均为寡聚核苷酸（Oligo）。那么Oligo的研发生产过程中，其表征与纯化对于色谱柱的要求是怎样呢？

反相作为LC上分辨率较高且常使用的模式，而Oligo因为磷酸二酯链、核糖/脱氧核糖以及极性碱基的存在，使其在反相色谱柱上保留非常弱，故需在流动相中添加弱离子对试剂-烷基胺如TEA、DIEA。此外，也会添加HFIP改善峰形。

相比传统硅胶色谱柱，Phenomenex推出的杂化基质硅胶色谱柱Clarity Oligo-XT和Clarity Oligo-RP更耐受这样苛刻的溶剂环境，对Oligo也具有更佳的选择性。Oligo-XT采用了核壳技术，更大程度提高分辨率；Oligo-RP则采用全多孔杂化硅胶，可实现Oligo的高载样量，专为纯化而设计。

桥接寡核苷酸的分析示例

2020-02-27 10_29_04-Window.png

Column: Clarity 2.6μm Oligo-XT

Dimensions: 50X2.1mm

Mobile Phase:

A:50mM HFIP & 5mM DIEA in Water

B:50mM HFIP & 5mM DIEA in Acetonitrile

Flow Rate: 0.3mL/min

Gradient: 5-20%B in 15 min to 95%wash for 5 min

Temperature: 60°

Detection: UV/Vis 260 nm

Sample:Bridged Nucleic Acid 5'-TA/BNA-A/TA/BNA-meC/GT/BNA-T/TA/BNA-T/AC/BNA-G/CC/BNA-C/A-3'

寡核苷酸的纯化示例

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Column: Clarity 3μm Oligo-Rp C18

Dimensions: 50X10mm

Mobile Phase:

A:50mM TEAA pH 7.5

B:Methanol

Flow Rate: 5mL/min

Gradient: 10-45%B in 30minutes

Detection:UV/Vis 260 nm

Sample:39mer & 40mer DNA

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