三代测序？多糖含量高？用GenFind V3提核酸！

众所周知，通过细菌进行研究时，很多时候提取细菌的基因组会面临胞外多糖(exopolysaccharides, EPS)过高的挑战。EPS会使样品变的粘稠，易附着在DNA上影响磁珠的分离，进而影响后续实验。Wick等人最近研究发现1，对细菌基因组的完整解读依赖于长读长测序的技术，否则无法很好的对复杂的基因组结构进行分析。他们建立了一种优化的全长基因组分析方案，并在12种克雷白氏菌 (Klebsiella pneumoniae) 中进行了验证。提供了一种低成本的（~150 USD per strain），低生信需求的分析解决方案。

文章特别指出，提取细菌的基因组时，使用贝克曼库尔特的GenFind试剂盒，可以顺利得到高分子量的gDNA (>60 kbp), 且无小片段DNA碎片的残余，可直接用于某主流三代测序分析平台，无需额外的纯化及片段分析。

除此之外，贝克曼库尔特的GenFind V3试剂盒通过优化的流程2 ，同时适用于手工和自动化，可针对性解决EPS过高的问题。如下图所示，从绿脓杆菌（Pseudomonas aeruginosa）中获取干净、完整的gDNA。

参考文献：

1、Wick et al., Completing bacterial genome assemblies with multiplex MinION sequencing, Microbial Genomics; DOI 10.1099/mgen.0.000132

2、Beckman Coulter, Inc., SUPPLEMENTAL PROTOCOL: Extraction of DNA from Mucoid Bacteria using GenFind V3