代谢组学相关--转录组测序

1.产品概述

转录组，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA，rRNA，tRNA以及其他non coding RNA，狭义上指                    mRNA 集合。

转录组测序，利用高通量测序技术，全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。

2.应用领域：

◆ 肿瘤的发生发展机制

◆ 复杂疾病的分子机制

◆ 药物作用靶点及机制研究

◆ 胚胎发育研究

◆ 环境毒理研究

3.技术路线

4.研究内容

5.技术参数

（1）样本要求

新鲜动物组织：≥0.3g

新鲜培养细胞：≥5×106个

新采集的全血：≥5ml

PAXgene 采血管：≥2管

RNA要求：

样品浓度：≥50 ng/ul

样品体积：>10ul

样品总量：>2ug

样品纯度：RIN≧6.5 (动物)、6（植物、真菌），OD260/280≧1.8，OD260/OD230≧1

（2）测序策略：PE150

（3）推荐数据量：6G以上

（4）测序平台：Novaseq，MGIseq2000

6.案例分析

SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival

SHQ1调节的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的

期刊：Nature Communication  IF：12.121

发表时间：2018.10研究单位：武汉大学

研究结论

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤，本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达，SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡，增加动物存活率。为阐释具体作用机制，作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接，而MYC也会因剪接效率低而显著下调，相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。

之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因， 但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达，进而调控MYC表达。综上所述，本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用，也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路，为 MYC基因的表达调控提供了新的见解。

图1.SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率

参考文献

Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival.[J] .Nat Commun, 2018, 9: 4281.

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途