US HUPO布鲁克最新发布 | 4D-免疫肽组学、4D-糖组学、血蛋白组学、实时数据库检索重大升级

· Novor V2.0软件采用了一种针对HLA肽段优化的先进机器学习算法，能从从头测序的多肽中发掘免疫肽段信息，并进一步提升鉴定水平

· TwinScape^TM结合iRT^TM标准多肽的数字化监测技术智能反馈功能确保 timsTOF最高性能 – 远远超出“正常运行时间”

· 新型glyco-PASEF^®方法用于超高灵敏度4D-糖肽分析

· Spectronaut^® 18软件现在已向Bruker ProteoScape^TM用户全面开放

· Biognosys推出高通量ENRICHMENT血浆蛋白质组学，可以实现约 55,000条肽段对应4500种蛋白质大规模定量分析（1% FDR）

· PreOmics^®蛋白质组学样本前处理工具 BeatBox^®，可实现更高效快速的细胞裂解和 FFPE/FF 组织均质化

        2024年3月11日，在俄勒冈州波特兰举办的第20届美国人类蛋白质组学会议（以下简称“US HUPO”）上，布鲁克（纳斯达克股票代码：BRKR）发布了其在免疫肽组学、糖蛋白质组学和其他4D-蛋白质组学工作流程方面的最新进展。布鲁克在高深度、大规模蛋白质组学、糖组学和多肽组学研究解决方案中的最新进展，与其他领先的生命科学工具相辅相成，为后基因组时代提供了支持。这些工具不仅促进了分子和细胞生物学的研究，还为理解疾病生物学提供了重要视角，并为下一代分子诊断和药物发现中的生物标志物研究奠定了基础。

　　 US HUPO会议更新技术进展包括：升级的机器学习从头测序软件 (Novor V2.0)、一款新型高性能数字监测软件 (TwinScape)、用于高灵敏度糖肽分析的glyco-PASEF新方法、以及为Bruker ProteoScape用户提供Spectronaut 18访问权限。ProteoScape是一款基于GPU的用于实时4D-蛋白质组学数据分析软件，目前支持通过Biognosys进行directDIA^®分析。

A. 推进癌症免疫治疗研究

　　 布鲁克利用新软件Novor v2.0提升timsTOF HT和timsTOF Ultra系统用于从头测序免疫肽组学分析性能。这款软件是与Rapid Novor Inc. 合作开发的，通过利用超过140万张谱图训练集，这些谱图映射到超过15万条HLA肽段，可以用于研究从临床活检获取的微量样本。

　　 德国图宾根大学多肽免疫学教授兼转化免疫学医学主任Juliane Walz博士评论道：“我们的研究重点是免疫学领域，以及针对肿瘤和传染病的新型多肽免疫疗法的开发。布鲁克将捕集离子淌度（TIMS）与飞行时间（TOF）质谱相结合，使其能够快速灵敏地检测HLA肽段。基于此项技术，我们已经将良性参考免疫肽数据库扩展到超过15万条HLA多肽。这使得我们能够高置信度地鉴定肿瘤相关抗原，以加快免疫疗法的发展。”

B.使用TwinScape实现timsTOF最佳性能

　　 TwinScape是一种新型数字化性能监测和质量控制引擎，能够利用iRT标准多肽来确保样品制备和LC-MS的使用过程中的最佳性能。在后基因组时代的协同多组学研究中，覆盖深度、稳健性和可扩展定量的结合尤为重要。而TwinScape使更大规模的对照研究和有效的跨实验室可比性成为了可能。

　　 西奈健康研究中心副负责人、卢南菲尔德-塔南鲍姆研究所所长、加拿大多伦多大学分子遗传学教授Anne-Claude Gingras表示：“我们蛋白质组学仪器平台会支持各种不同项目，确保仪器拥有最佳性能并且始终了解其动态将显得至关重要。布鲁克ProteoScape、TwinScape和Biognosys iRT试剂盒的组合已成为我们监测仪器不可或缺的一部分，它们确保我们的一切工作按照最高标准运行。特别是TwinScape，它非常适合对质量控制和系统性能进行长时间观察，对于确定样品、LC或MS是否存在问题特别有用。”

C. 新型glyco-PASEF方法用于超高灵敏度4D-糖肽分析

　　 布鲁克展示了与乌得勒支大学Heck团队合作开发的具有选定目标离子区域功能的新型timsTOF glyco-PASEF方法。同时，还推出了与拉德堡德大学的Van Gool团队合作开发的GlycoScape软件，以及密歇根大学Nesvizhskii 团队开发的MSFragger-Glyco软件。

　　 乌得勒支大学化学和药物科学教授、荷兰蛋白质组学中心科学主任Albert Heck博士指出：“我们很高兴能够利用timsTOF平台的独特优势在糖蛋白组学领域取得了开创性成果，现在我们已经将这一技术转化为glyco-PASEF方法进行糖生物学研究。”

　　 目前，布鲁克提供用于早期测试的GlycoScape™ 实时糖蛋白组学软件，该软件由拉德堡德大学的 Alain van Gool 团队开发。

　　 此外，布鲁克还宣布 MSFragger-Glyco软件现已支持 timsTOF 数据。密歇根大学计算医学、生物信息学和病理学教授、MSFragger的创始人 Alexey Nesvizhskii博士表示：“我的团队对 MSFragger 在超快搜索（包括翻译后修饰肽的鉴定）方面的受欢迎程度感到满意。我们的软件完全支持PASEF数据解析，我们也很高兴布鲁克会随着timsTOF仪器提供这个软件。这一认可证明了我们的工具对timsTOF生成的蛋白质组学数据具有广泛适用性。”

D. dia-PASEF^® 软件升级

　　 Bruker ProteoScape的最新版本引入了Spectronaut 18 模块，基于GPU分析获取实时检索结果，其中包括无需数据库搜索的directDIA。此外，Bruker ProteoScape现在还将TIMS DIA-NN软件升级到3.0版，提高了定量分析的准确性。

　　布鲁克（纳斯达克股票代码：BRKR）致力于赋能科学家实现突破性的后基因组发现并开发新的应用以提高人类生活质量。布鲁克的高性能科研仪器和高价值分析与诊断解决方案使科学家能够在分子、细胞乃至微观层面探索生命和材料的奥秘。凭借与客户的紧密合作，布鲁克推动着后基因组生命科学领域分子与细胞生物学研究、应用与制药、显微镜与纳米分析技术以及工业应用领域的创新与生产效率提高，并创造了诸多客户成功案例。布鲁克提供了一系列差异化且极具价值的生命科学与诊断系统及解决方案，广泛覆盖临床影像学、临床表型组学研究、蛋白质组学与多组学分析、空间与单细胞生物学、功能结构生物学与凝聚态生物学以及临床微生物学和分子诊断等多个领域。欲获取更多信息，请访问布鲁克官方网站：www.bruker.com。