单细胞外显子组&目标区域测序

运用MALBAC®技术对单个细胞基因组进行扩增，结合序列捕获技术，采用特制的探针将全基因组外显子组/目标区域DNA序列捕获并富集后，进行高通量测序的基因组分析。单细胞外显子组&目标区域测序是一种选择基因组的编码序列的高效策略。该方法能够获得指定外显子组/目标区域的遗传信息，极大的提高了基因组中外显子区域的研究效率。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势。单细胞外显子&目标区域测序可用于识别和研究与疾病、细胞分化相关的编码区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。

碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《 碧云天高通量测序服务询价表》，发送至ngs@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。

2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。

3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。

2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。

3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。

4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。

5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。

2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。

3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。

4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。

5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。

6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。

7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天单细胞外显子组&目标区域测序技术服务项目明细：

单细胞外显子组&目标区域测序：运用MALBAC®技术对单个细胞基因组进行扩增，结合序列捕获技术将外显子组/目标区域DNA序列捕获并富集后，进行高通量测序。可用于识别和研究与疾病、细胞分化相关的编码区域内的结构变异，有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。

技术流程

MALBAC扩增原理技术优势

1. 运用MALBAC®多重退火环状循环扩增技术，解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，使得单细胞中90%的基因组能够被测序，样品起始量可低至0.5pg

2. 高性价比：较低价格得到外显子组/目标区域序列的基因信息

3. 高覆盖度：几十Mb的测序区域，多种选择，更高的测序深度

4. 高信息密度：只针对编码区域/目标区域进行测序，更大可能发现引起功能改变的突变

技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序数据量：建议10Gb/样本

测序及基础分析周期

按标准流程（不包括高级信息分析），100个样品，平均深度50X，周期约为50个工作日
按标准流程（不包括高级信息分析），1000个样品（目标区域大小1 Mb），周期约为140个工作日（含芯片定制及预实验时间）

样品要求

1. 样品类型： 已分离的单细胞样本或DNA 样品

2. 样品需求量（单次）： 样品建议为单细胞或DNA总量≥10pg

数据分析内容

标准信息分析

1. 数据产出统计及碱基质量评估

2. 去除低质量、污染及接头序列

3. 比对（测序深度及覆盖度等分析）

4. SNV/Indel分析及在dbSNP数据库的注释

高级信息分析

1. SNV/Indel对应基因突变高级功能注释（dbSNP, clinvar, HGMD, cosmic, 1000gemome, EAS, Pubmed等）

应用案例

癌症病人单个外周血循环肿瘤细胞的外显子测序
Ni X., Zhou M., Su Zhe, Duan J., et al. Reproducible copy number variation patterns among single circulating tumor cells of lung cancer patients.PNAS,Nov.5,2013

研究人员利用MALBAC扩增技 术，首次报道了对于癌症(cancer)病人单个外周血循环肿瘤细胞的全基因组、外显子组测序结果，此项研究对于揭示癌症(cancer)转移的分子机制(Molecular Mechanisms)具有重要意义，同时还为无创癌症(cancer) 诊断提供了一种新的技术手段。 MALBAC技术具有基因组扩增均匀，覆盖率高等众多优势，从而使得研 究人员可以在单个细胞水平准确探 测全基因组基因拷贝数变异(CNVs) 和单核苷酸变异(SNVs)。

循环肿瘤细胞（CTCs）单个细胞中的拷贝数变异（CNVs）

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途