单细胞全基因组重测序

单细胞全基因组重测序是指运用全基因组扩增技术对单个细胞的基因组进行扩增并进行全基因组测序，并在细胞水平进行差异性分析的研究方法。由美国科学院院士、哈佛教授发明的MALBAC® (Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles)技术，对单个细胞基因组进行扩增该技术解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，使基因组测序的模板需求量从µg级降至单细胞水平，使得单细胞中90%的基因组能够被测序，为微生物生态学、癌症基因组、法医学、微量诊断、遗传印记等研究打开了一扇新的大门。

碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《 碧云天高通量测序服务询价表》，发送至ngs@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。

2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。

3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。

2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。

3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。

4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。

5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。

2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。

3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。

4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。

5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。

6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。

7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天单细胞全基因组重测序技术服务项目明细：

单细胞全基因组重测序：是指运用全基因组扩增技术对单个细胞的基因组进行扩增并进行全基因组测序，并在细胞水平进行差异性分析的研究方法。对单个细胞基因组进行扩增该技术解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，使基因组测序的模板需求量从µg级降至单细胞水平。

技术流程
MALBAC扩增原理技术优势

1. 运用MALBAC多重退火环状循环扩增技术，解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚，使得单细胞中90%的基因组能够被测序，样品起始量可低至0.5pg

2. 通量高：每个样本可达30X以上的数据产出量，海量数据用于分析

3. 覆盖度高：能检测到大于90%的SNP

4. 分辨率高：单碱基分辨率

5. 可检测到基因组内较大的结构性变异及基因拷贝数变化等

6. 可全面发掘新的和稀有的遗传变异

7. 更加全面、可靠的基因变异信息

8. 数据偏差小、高均一性，真实反应样本基因组信息

技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序数据量：建议90Gb/样本
测序及基础分析周期：1G以下基因组，样品量小于10个，每个样品不超过10X基因组测序深度，标准流程的执行周期约为20个工作日；样品数量多于10个时，项目的执行周期需根据项目的规模而定

样品要求

1. 样品类型： 已分离的单细胞样本或DNA 样品

2. 样品需求量（单次）： 样品建议为单细胞或DNA总量≥10pg

数据分析内容

标准信息分析

1. 数据产出统计及碱基质量评估

2. 去除低质量、污染及接头序列

3. 比对（测序深度及覆盖度等分析）

4. 一致性序列生成

高级信息分析

• SNV/Indel对应基因突变高级功能注释（dbSNP, clinvar, HGMD, cosmic, 1000gemome, EAS, Pubmed等）

• CNV检测（5M）

应用案例

全基因组范围检测人单细胞中单核苷酸和拷贝数变异
Chenghang Zong, Sijia Lu, Alec R. Chapman, and X. Sunney Xie. Genome-Wide Detection of Single Nucleotide and Copy Number Variations of a Single Human Cell. Science. 2012 December 21; 338(6114): 1622–1626.

由于DNA的动态变化，同类细胞的基因组可能会有差别。这种基因组的差别需要通过单细胞测序来检测到，但由于基因扩增中有偏向性，导致基因组覆盖度很低。有一种新扩增技术：多重退火环状循环扩增技术(MALBAC) 可以克服这个难题，并得到覆盖度很一致的测序结果。MALBAC扩增技术在对单个人细胞做平均25X测序时，可以达到93% 大于1x 的覆盖度。 对单个肿瘤细胞进行CNV检测，并通过三个同类细胞的测序， 可检测到单个的SNV，并且没有假阳性。在全基因组范围对癌细胞系的突变率进行统计，发现嘌呤-嘧啶的颠换在新获得的SNV中异常频繁。

单个肿瘤细胞中的拷贝数变异 (CNVs)

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途