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长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)

参考报价: ¥2800-3300 RMB(人民币) 型号: 长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)
品牌: 碧云天 产地: 上海
关注度: 57 信息完整度:
样本: 典型用户: 暂无
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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度大于200 nt的不会翻译成蛋白的RNA分子。lncRNA存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式,具有跨物种的低保守性,组织表达特异性和低丰度等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA,保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本,而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白活性调控、蛋白质运输、siRNA形成和mRNA降解等。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点,借助高通量测序,研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。


碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表:

服务编号服务名称服务时间全额预付特价(元)半额预付特价(元)零首付价(元)服务内容交付结果
T0711长链非编码RNA测序(RNA-seq)15-20个工作日280030003300lncRNA测序,PE150,10-12Gb数据(约70-80M Reads),不含样品制备原始数据(序列文件*.fastq)
T0712lncRNA-Seq基础分析5-10个工作日500550600提供lncRNA-Seq的基础分析,和T0711联合提供,不单独提供服务分析报告
T0730高级分析与个性化分析据项目要求定询价询价询价据项目要求定,请提前和碧云天项目负责人沟通分析报告

备注:质检首次免费,如果样品首次质检不通过,后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。


碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表:

服务编号服务名称全额预付特价(元)半额预付特价(元)零首付价(元)备注
T0731RNA抽提、质检250元/样品290元/样品320元/样品适用于冻存的细胞、组织样品等
T0732特殊RNA抽提、质检300元/样品350元/样品380元/样品适用于全血、FFPE切片
T0736DNA/RNA质检100元/样品130元/样品150元/样品首次免费,首次质检如果不合格后续检测收费
T0738文库质检(Qubit法)200元/样品250元/样品280元/样品Qubit文库质检,适用于绝大多数文库
T0739文库质检(qPCR法)1100元起1200元起1300元起qPCR质检比Qubit精度更高,25个文库为一批,首个文库按表中价格收费,后面的24个文库每个只收110元

注:以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务,不单独提供相应服务。


技术流程

技术参数

测序平台与方式:HiSeq, PE150
测序数据量:建议10-12 Gb/样本(约70-80M Reads)
测序及基础分析周期:20个工作日


样品要求

  1. 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

  2. 样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。

  3. 样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7。

  4. 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

  5. 样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。


数据分析内容

  1. Reads QC/QA与数据统计

  2. 比对到参考基因组与数据统计

  3. 转录组表达量的计算

  4. 基因差异表达分析;差异表达基因筛选

  5. 差异表达基因的功能富集和通路分析(GO, KEGG等注释分析)

  6. lncRNA的识别预测

  7. lncRNA分类

  8. lncRNA靶基因预测:顺式反式

  9. lncRNA差异表达分析

  10. 差异lncRNA靶基因生物学通路分析

  11. 差异lncRNA靶基因GO功能注释分析


应用案例

人结直肠癌特异性的CCAT1-L lncRNA远程调节MYC基因位点染色质相互作用
Jian-Feng Xiang, Qing-Fei Yin, et al,. Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Research, (2014) :1-19.

对人结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序,两样本分别得到52M和59M reads。比较发现,结直肠癌组织中MYC基因上游515 kb处特异性地转录一种lncRNA—CCAT1-L。功能研究表明,抑制CCAT1-L 会降低MYC基因表达;过表达CCAT1-L,会增强MYC基因表达,并促进肿瘤发生。进一步研究发现,编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中,该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。研究表明,该lncRNA是肿瘤形成的重要调控因子。

结直肠癌组织中MYC基因上游515 kb位点特异性的lncRNA—CCAT1-L


长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)信息由 上海碧云天生物技术有限公司为您提供,如您想了解更多关于长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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