- 核酸质控:解决分子实验后顾之忧
1 核酸质控是分子实验的基础! 对于分子实验室的科研人员来说,核酸的质量直接影响下游实验的成功与否。毫无疑问,浓度高、纯度高、片段完整的核酸,是实验室人员理想的核酸样品。从组织、细胞、微生物等来源纯化并富集目标核酸,在进一步处理核酸样本前,应先对核酸浓度、纯度、以及核酸片段完整性进行质控。测量浓度是为了符合下游实验的样本需求量;检测纯度是为了确定样本中是否具有其他核酸、蛋白或化学物质的污染;片段完整性则是评判样本是否有降解的关键点。2&
- 同样是做测序,为什么别人 FFPE 样本测序这么顺利?
使用福尔马林固定石蜡包埋处理的样本(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,FFPE)可以保存原有正常的结构和功能,并且能在常温保留很久。大部分样本主要与肿瘤相关,随着精准医疗对病理科的影响渗透,以及研究手段的不断升级,研究人员对积攒了百年之久的FFPE样本在分子层面的研究也越来越多,研究这些组织样本为探讨新的肿瘤分类、诊断和预后标准,开发肿瘤早期检测的实验技术、转化医学和个体化医学提供了有利的依据,但是 FFPE 样本特
- 意义重大的 cf/ctDNA 样本,你做好质控了吗?
游离 DNA(cell-free DNA,cfDNA)是一种血液或体液中游离于细胞之外的 DNA。在某些疾病或特殊状态下,细胞也会释放游离 DNA 入血,其中包括来源于肿瘤细胞的循环肿瘤 DNA(Circulating tumor DNA,ctDNA),来源于胎儿的 cfDNA 等。随着有效地 cfDNA 分离技术的出现和发展,cfDNA 用于疾病早期诊断、
- 毛细管电泳引物探针质控第二弹
引物是分子生物学实验中必不可少的部分,它通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3’端开始合成新的核酸链。常用的人工合成寡核苷酸探针与引物类似,是一段带有检测标记,且顺序是已知的,与目的基因互补的核酸。 分子生物学实验中经常会因为引物或者探针的问题导致产物扩增不出或者引物二聚体含量很高无法确定产物质量,即使换
- 展会回顾 | 全国第七届病原体核酸检测新技术高级培训班
全国第七届病原体核酸检测新技术高级培训班于2021年6月1-5日在江西省南昌市成功召开。本次培训班吸引了全国31个省,125个市,130个县级疾控中心的700多位技术人员参加,30多家展商企业带着新的产品的核酸检测技术参与了本次盛会。 图1. 厚泽生物展台 本次培训班主要培训目的是为了跟踪分子检测技术在新冠病毒等病原体应用的新进展,推广成熟的核酸检测技术,促进相关技术人员的学术交流,提高专业人员的相关知识和技术水平,培养基因检测专业高品
- mRNA 疫苗研发质控新选择
新冠肺炎疫情下 mRNA 疫苗的研究现状 自 2019 年底武汉新冠病毒肺炎疫情发生至今,全球各国都在紧锣密鼓地展开新药和新冠疫苗的研发工作。创新疫苗的研发,成为承载人们厚望的快速利器。国内外有多家单位致力于 mRNA 疫苗的研发,目前,全球已有 2 款 mRNA 新冠疫苗投入大规模接种,分别是德国 BioNTech 与辉瑞研发的 BNT162b2 和美国 Moderna 公司研发的 mRNA-1273。在临床Ⅲ期实验中,这两种疫苗注射后的保护率
- DNA 纳米材料搭建成功与否的检测新选择
1960 年,诺贝尔获得者 Richard P.Feynman 在著作《There’s Plenty of Room at the Bottom》中提出纳米技术一词。从那时起,物理学、化学、生物学领域中,纳米水平上的大量研究被突破和发展。纳米技术通常被定义为,可创造纳米级具有全新属性和功能材料的一项技术。 其中,以脱氧核糖核酸(DNA)为基础材料,利用碱基互补配对原则,经过自组装构建具有特定空间构型的纳米级材料—DNA 纳米结构(DNA
- 99% 的科研人都易忽视的核酸质控关键点
上图的对话经常出现在分子生物学实验室中,提取是分子实验的第一步,也是影响最终结果的最重要的因素之一,当然可能会有人不赞同,只是做简单的 PCR 实验,提取随便做做就可以扩增出很亮的条带。文献支持好吧,那我们先从一篇文献来看,文章作者研究了提取和文库制备方法对粪便样本中的生物多样性的影响。最终发现对结果有显著性影响是提取方法,最后提供了一种可复制的稳定的提取方法。作者使用了 21 种提取方法,并且通过提取总量(ng)和质量(片段大小)两个方面对样本质量进行排
- 肿瘤基因检测前做好这一步,让你离实验成功近一大步
肿瘤基因检测(即分子靶标检测)是以研究疾病发生、发展过程中细胞分子生物学上的差异为基础,筛选和鉴定与疾病密切相关的蛋白质、核酸等生物大分子作为药物作用的靶点,通过靶向给药实现有效的靶向治疗及个体化治疗。肿瘤分子靶标的出现使得靶标药物能够针对癌细胞本身进行治疗,不会对正常细胞产生重大伤害,缓解患者病痛的同时更带给他们生的希望。自肿瘤基因检测技术应用以来,治疗效果十分显著,得到了越来越多的癌症患者的认可,是极为有前途的个体化治疗方法。 高通量测序是目
- 千万不要错过,这个技术在引物探针质控应用
引物是分子生物学实验中必不可少的部分,它通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条 DNA 模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条 DNA 模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶可由其3’端开始合成新的核酸链。常用的人工合成寡核苷酸探针与引物类似,是一段带有检测标记,且顺序是已知的,与目的基因互补的核酸。分子生物学实验中经常会因为引物或者探针的问题导致产物扩增不出或者引物二聚体含量很高无法确定产物质量,即使换不同
- 一文教你如何准确评估分离的核酸样品的质量?
测序作为一种重要的实验技术,在生物学研究中有着广泛的应用。随着科学的发展,传统的 Sanger 测序已经不能完全满足研究的需要,对模式生物进行基因组重测序以及对一些非模式生物的基因组测序,都需要费用更低、通量更高、速度更快的测序技术,而高通量测序技术(High-throughput sequencing)的产生则是对传统测序一次革命性的改变。二代、三代测序(NGS)的文库制备,对测序结果的影响很关键,而文库质量的好坏除建库方法和过程细节外,最重要的就是初始
- 做测序的你,不知道这个技术就可惜了
随着第二代测序(Next Generation Sequencing,NGS) 技术和第三代测序( Third Generation Sequencing,TGS)技术的快速发展,生物研究领域发生了巨大变革。然而,传统的二代测序是从大量细胞中获取足够多的 DNA 或 RNA,因此测序结果是这些细胞整体的表征,而不是单个细胞的具体情况。以我们熟悉的转录组测序为例,转录组测序是提取组织、器官或一群细胞的混合 RNA 进行测序,得到的是一群细胞的转录组的平均数据
- 快速掌握三代测序有哪些我们不能忽视的质控点
测序技术经过第一代、第二代的发展,读长从一代测序的近 1000bp,降到了二代测序的几百 bp,通量和速度大幅提升,而第三代测序的发展思路在于保持二代测序的速度和通量优势的同时,弥补其读长较短的劣势。三代测序与前两代相比,最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行 PCR 扩增。那么三代测序当中会有哪些质控点呢? 下面我们以 PacBio 为例为大家作以简单叙述:与二代测序一样,PacBio 三代测序的第一步也是核酸提取,其次是建库,其最主要的区别是建库过
- 毛细管电泳技术在引物质控方向的应用
毛细管电泳技术可应用于离子、化合物、蛋白、核酸、糖类以及细胞和病毒等物质的分离和分析,具有高效、快速、成本低、应用模式开放等显著优势。先多用于环境、食品和工业中的离子分析;药物成分分析和核酸蛋白分子产物检测等等。基于毛细管电泳技术研发的仪器很多,在核酸和蛋白检测方面,毛细管电泳技术正在逐渐替代传统平板凝胶电泳技术。毛细管电泳与传统的平板凝胶电泳相比具有高分辨率、高速度、高自动化的优势。Qsep 系列毛细管电泳仪独特,就是基于毛细管电泳技术,巧妙的将电泳胶和
- 核酸电泳新选择:全自动快速分析核酸
核酸凝胶电泳是分子克隆核心技术之一,用于分离、鉴定和纯化 DNA 或 RNA 片段,而电泳的质量直接决定了后续实验的成败,实验室常用的有琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯.酰胺凝胶电泳。琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯.酰胺凝胶电泳分离、鉴定 DNA、RNA 分子混合物的方法以琼脂糖凝胶和聚丙烯.酰胺凝胶作为支持物。琼脂糖凝胶是一种聚合链线性分子含有不同浓度的琼脂糖的凝胶构成的分子筛的网孔大小不同,适于分离不同浓度范围的核酸分子。聚丙烯.酰胺凝胶是丙烯.酰胺在在催化物催化条件下
- 论质控在 ngs 平台中的必要性
近年来,二代测序(NGS)技术迅猛发展,除 DNA 靶向捕获测序,RNA 测序,外显子测序,全基因组测序外,NGS 的临床应用也拓展至产前诊断,肿瘤早筛及用药指导等方面。鉴于这些应用与人类的健康疾病息息相关,NGS 流程中的任意步骤都不容忽视,因此,样本的质控必不可少。无论是哪种测序,在 NGS 的工作流程中,都离不开样品提取(核酸)→打断/反转录→扩增→构建文库→定量上机这一过程。这些过程环环相扣,每一个步骤的样本质量均会影响下一个步骤并最终影响到测序结
- NGS-ctDNA 给肿瘤精准医疗带来新希望
1948 年,Mandel 和 Metais 首次发现人体血液中存在着游离形式的 DNA。所有游离在血液中的 DNA 统称为 cfDNA(cell-free DNA),而来自肿瘤细胞的 cfDNA 就是 ctDNA。ctDNA(circulatingtumorDNA),又名循环肿瘤 DNA,主要有三种来源:坏死的肿瘤细胞、凋亡的肿瘤细胞以及肿瘤细胞的外泌体。ctDNA 以核小体为载体,以单个、双联或者三联的形式进入血液。同时有研究显示 ctDNA 的半衰期
- 毛细管电泳在 DNA 指纹图谱分析中的应用
1984 年英国莱斯特大学的遗传学家 Jefferys 及其合作者首次将分离的人源小卫星 DNA 用作基因探针,与人基因组酶切片段进行 Southern 杂交,获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹,这种图纹极少有两个人完全相同,故称为"DNA 指纹"。意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。众多「DNA 指纹」组成「DNA 指纹图谱」。DNA 指纹的图像在 X 光胶片中呈一系列条纹,很像商品上的条形码。DNA 指纹图谱
- 多重 PCR 在病原微生物分子分型中的应用
多重 PCR,又称多重引物 PCR 或复合 PCR,是指在同一 PCR 反应体系里加上二对以上引物,同时扩增出多个核酸片段的 PCR 反应。多重 PCR 技术主要应用于直接检测简单处理过的临床标本, 以达到快速检测的目的。其在基因敲除分析、突变和多态性分析、定量分析等方面都显示出了广泛的应用价值。本文主要介绍多重 PCR 技术在病原微生物检测方面的突出贡献。主要特点及优势:操作简单,检测周期短灵敏度高,特异性强检测过程系统,全面检测成本低多重 PCR 目前
- PCR 扩增必看:让你的「引物设计」少走弯路
聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,简称 PCR)是一种体外快速扩增特定基因或 DNA 序列的方法。由美国科学家 PE Cetus 公司遗传部的 Dr. Mullis 发明并获得了 1993 年化学诺贝尔奖。PCR 技术目前是分子生物学研究中使用最多、最广泛的手段之一,而引物设计是 PCR 技术中至关重要的一环。使用不适合的 PCR 引物容易导致实验失败,比如表现为特异性差,扩增出目的带之外的多条带(如形成引物二聚体带),无