400-6699-117转1000
您好,欢迎您查看分析测试百科网,请问有什么帮助您的?
参考报价: | 面议 | 型号: | 暂无 |
品牌: | 暂无 | 产地: | 暂无 |
关注度: | 575 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
400-6699-117转1000
一、甲基化DNA免疫共沉淀测序概述
甲基化DNA 免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)先用5'-甲基胞嘧***抗体富集胞嘧***甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,但不能在单碱基分辨率水平上检测DNA胞嘧***甲基化状态。
二、甲基化DNA免疫共沉淀测序技术优势性价比高:只对被富集基因组片段测序,测序数据量降低,数据利用率高;适用于多样品的全基因组DNA表观遗传研究; 检测范围广:在整个基因组范围检测甲基化区域。
三、甲基化DNA免疫共沉淀测序研究内容全基因组不同水平甲基化区域的分布:分析MeDIP-Seq读序在全基因组、不同功能元件区域(CpG岛、重复序列、启动子、非翻译区、外显子、内含子和基因间等)的分布情况。识别序列富集峰(peak)。结果可显示不同样本间DNA甲基化修饰模式的差异。
基于富集峰的基因功能及其调控机制的预测:对于单个样本,分析与peak相关的基因;对于多样本,进行基于peak 的全基因组甲基化差异分析。通过分析差异甲基化区段(DMR),对差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析;也可结合表达谱数据,预测受甲基化调控的基因。
研究流程示例
四、甲基化DNA免疫共沉淀测序实验技术路线
五、样品要求(基因组DNA) 样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净。样品浓度:zei低浓度不低于50ng/ul。样品总量:每个样品总量不少于10ug。样品溶剂:溶解在H20或TE (pH 8.0)中。样品运输:DNA低温运输(-20℃);且在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。
六、甲基化DNA免疫共沉淀测序数据分析流程
七、MeDIP-Seq数据分析内容展示1. 数据量和数据质量
质量盒图统计 (盒图即是质量分位图,长方形zei下面的边为所有质量值中占25%的质量数值,依此往上分别为占50%,占75%对应的质量值,上下的黑线代表占10%和90%对应的质量值),蓝色的线表示质量数值的平均值、绿色背景部分代表高质量数值部分、橘色背景部分代表合理质量数值部分、红色背景部分代表低质量数值部分,横坐标为测序Reads 1~100的位置,纵坐标为所有Reads在1~100位置的质量(Q:0~40)分布。
质量盒图统计
2. Peak长度和染色体分布
Peak长度分布
染色体分布
3. 基因和CpG岛关联
基因和CpG岛关联
甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)信息由上海英拜生物科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq)报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。
注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途